Закавказский округ евангелическо-лютеранских общин в отличие от остальных церковных округов не зависел от Генеральной консистории в Санкт-Петербурге, а управлялся Департаментом духовных дел иностранных исповеданий и подчинялся кавказскому наместнику. Для решения наиболее важных вопросов регулярно созывались синоды. Первый Синод закавказских общин 1841 г. (колония Еленендорф) постановил, что на приходы Общества Исхода распространяется Устав церкви 1832 г. «Правила для немецких поселенцев в Грузии», регламентировавшие порядок богослужения, назначение пасторов и управление Сепаратистской церковью Закавказья, были утверждены 25 ноября 1841 г. В конце XIX в. часть закавказских немецких колонистов, принадлежавших к Обществу Исхода, переселилась в Пятигорский, Моздокский и Кизлярский уезды. Деятельность Общества Исхода в России активизировалась во второй половине XIX в. в общинах, отделившихся от меннонитов. В 1871 г. поступили первые сведения о том, что разрабатывается новый закон о воинской повинности, который будет распространяться и на меннонитов. Делегации, направленные в Санкт-Петербург для выяснения подробностей, ничего не добились. В результате началась волна эмиграции в Америку. В молочанских колониях лидером движения стал А. Петерс, который возглавил группу, отделившуюся в 1873 г. от церковных общин, – Братскую общину среди меннонитов. К нему присоединились общины М. Классена (Лихтенфельд) и К. Эппа (группа селений в Самарской губернии). Члены группы отличались от меннонитской братской общины отношением к крещению. Верующие этой общины, подобно волжским братьям, получили «откровение», что убежищем для Божия народа (Откр. 12), т.е. для меннонитов, должна стать Средняя Азия, а не Запад в соответствии с воззрениями И.Г. Юнга-Штиллинга. С 1881 г. немецким поселенцам вменялось в обязанность несение воинской повинности. Однако в «Правила...» отбывания обязательной воинской службы были внесены пункты об освобождении меннонитов от ношения оружия. В 1880–1881 гг. около 1 тыс. лютеран Закавказья и около 600 меннонитов с Украины и из Поволжья направились к месту Второго пришествия в Хивинское ханство. Часть членов братских общин вернулась обратно, не доехав до места назначения, другая часть, после того как не осуществились пророчества, эмигрировала в Америку. Недалеко от Ташкента выходцы из братских общин с Украины и из Поволжья основали поселение, которое к началу ХХ в. состояло из пяти деревень. Основание третьего центра движения Общества Исхода в России было связано с немецким писателем, евангелическо-лютеранским пастором С.Г.К. Клёттером, который выступал с проповедью скорого Второго пришествия Иисуса Христа. В основе его учения была глава 20 Откровения апостола Иоанна Богослова. По учению С.Г.К. Клёттера, в мире вскоре должен появиться антихрист, который запретит христианское богослужение и введёт свои светские и духовные законы. Но после Второго пришествия Иисус победит антихриста в Армагеддонской битве и установит тысячелетнее Царство Божие.