По инициативе Иувеналия женский приют при виленском Мариинском монастыре преобразовали в Епархиальное женское училище, количество церковноприходских школ увеличилось до 200, школ грамотности до 800. По свидетельству племянника, Иувеналий «внимательно следил за тем, чтобы лица духовные, их дело и смирение не подвергались унижению и осмеянию, в особенности публичному». Когда Иувеналий узнал, что в виленском театре поставлена оперетта «Игрушечка» («Die Puppe»), осмеивавшая католическое монашество, то обратился к гражданскому начальству с просьбой о запрете спектакля. «Была сделана попытка поставить ту же оперетку под другим названием. Тогда последовал новый протест православного архиепископа, тогда как католические духовные власти бездействовали. В виду того что оперетка была разрешена к представлению общею цензурой, дело восходило на рассмотрение высших подлежащих учреждений в Петербурге и закончилось тем, что на Виленских сценах эту оперетту ставили в таком изменённом виде, что она уже не могла давать повода к насмешкам над монашеством и, конечно, никакого успеха не имела». С января 1898 г. по май 1899 г. Иувеналий был присутствующим членом Синода. В 1898 г. по представлению архиепископа Казанского и Свияжского Арсения (Брянцева) Иувеналий был избран почётным членом Казанской духовной академии. С 1902 г. – почётный член Киевской духовной академии. Награждён орденами св. Анны третьей, второй и первой степени (26 марта 1866 г., 20 апреля 1869 г., 1891 г), св. князя Владимира четвёртой и третьей степени (1871, 1887 гг.), св. Саввы Сербского второй степени (1892 г.), св. князя Александра Невского (6 мая 1900 г.). Иувеналий был строгим постником и аскетом: отказывался не только от мясной пищи, традиционно предлагавшейся русским монахам в Иерусалимской миссии, но и от рыбы во дни постов – даже во время болезни. В 1903 г. Иувеналий заболел (рак печени), составил духовное завещание, в котором испросил прощение у ближних и повелел похоронить в «простом деревянном лакированном липовом или ясеневом гробе без всяких позументов или украшений; внутри обить его белым коленкором, но отнюдь не шелковою материей». Все архиерейские облачения, митры, посохи и панагии Иувеналий завещал передать в ризницу архиерейской Крестовой церкви, а книги – в семинарскую библиотеку и в Березвечский монастырь. Право издания книг «Монашеская жизнь...» и «Творения св. Петра Дамаскина» Иувеналий предоставил духовному собору Киево-Печерской лавры. В день кончины Иувеналий причастился Святых Таин. Тело усопшего архиерея перенесли в Крестовую церковь, а 14 апреля 1904 г. – в Николаевский кафедральный собор, где великое заупокойное всенощное бдение совершил епископ Волынский и Житомирский Антоний (Храповицкий). Отпевание возглавил архиепископ Финляндский и Выборгский Николай (Налимов) в сослужении епископа Антония (Храповицкого) и епископа Ковенского Сергия (Петрова). 15 апреля Иувеналий был погребён в склепе северной части собора виленского Свято-Духова монастыря. В нише стены у захоронения был поставлен мраморный памятный крест. Панихидная память Иувеналия совершается в Оптиной и Глинской пустынях.