В марте 1899 г. Иувеналий освятил отремонтированный после пожара Софийский собор в городе Гродно. 14 октября 1899 г. на окраине Вильны в местности Зверинец Иувеналий заложил, а 1 июня 1903 г. освятил величественный храм в честь иконы Божьей Матери «Знамение». В дар новой церкви Иувеналий передал список с чудотворной Курской Коренной иконы Божьей Матери «Знамение». Образ находился в иконостасе слева от царских врат. 15 сентября 1900 г. Иувеналий возглавил открытие мужской и женской церковноприходских школ, устроенных рядом с храмом; добился от Синода финансирования строительства Знаменской церкви (21 790 руб.) и сам пожертвовал более 5000 руб. При Иувеналии в Литовской епархии также было построено шесть каменных и деревянная приходская церковь, капитально отремонтировано девять храмов. В 1905–1907 гг. по прошению Иувеналия Синод выделил средства для постройки ещё четырёх каменных приходских церквей, в том числе для одного новооткрываемого прихода; рассматривалось ходатайство об отпуске сумм на возведение девяти храмов и расширение приходской церкви в предместье Вильны Снипишки. Наконец, по инициативе Иувеналия были собраны деньги на строительство новых приходских церквей в местности Эйшишки Лидского уезда (2,1 тыс. руб.) и в пограничном с Пруссией местности Швекшни (8000 руб.). Дело об открытии пограничного прихода и построении здесь церкви тянулось больше 20 лет. Помимо недостатка средств главным препятствием к возведению церкви являлось отсутствие подходящего участка земли. В итоге при поддержке Иувеналия и генерал-губернатора Виталия Николаевича Троцкого землевладелец граф Плятер (фон дем Брёле) пожертвовал 931 кв. саженей земли. Продолжительный спор о том, где именно в пограничной местности строить храм – в Швекшнях или в соседней местности Александровском, архиепископ решил к удовольствию обеих сторон, положив резолюцию о построении двух церквей: и в Швекшнях, и в Александровском. Ко времени служения Иувеналия на Литовской кафедре (1899–1900) относится разделение епархии на Литовскую (в составе Виленской и Ковенской губерний) и Гродненскую (в пределах Гродненской губернии). Вскоре после разделения Иувеналий столкнулся с неприятными последствиями этого события. Юноши, получившие образование в Литовской духовной семинарии, общей для обеих епархий, стали поступать на службу в многолюдную и богатую Гродненскую епархию. В Литовской же епархии почти не осталось кандидатов на священство, а около 15 церквей оказались без пастырей. Для изменения сложившейся ситуации Иувеналий был вынужден принять решительные и чрезвычайные меры. В самый непродолжительный срок на вдовые места были рукоположены клирики, не получившие систематического богословского образования. При этом все они дали обещание не оставлять своих приходов до самой кончины.