Исследователи находят примечательным, что на фотографиях лаврской братии Иувеналий запечатлён в клобуке оптинской формы, абсолютно не характерной для киевских иноков, что может свидетельствовать об обособленном положении архимандрита в Киево-Печерской лавре. По воспоминаниям современников, Иувеналию удалось заслужить в лавре репутацию человека высокой духовной жизни. В 1880 г. в Печерской лавре, в том числе в Успенском соборе, начались обширные ремонтно-реставрационные работы. Однако Иувеналий не приветствовал капитальное обновление и изменение внешнего облика древних храмов. В докладе на имя Киевского митрополита Платона от 30 января 1887 г. он предупреждал, что лавра не имеет средств на серьёзные реставрационные работы и предлагал митрополиту проводить реставрацию поэтапно. Также Иувеналий высказался против замены старых иконостасов на новые, в том числе и в лаврской Великой церкви. В конце 1880 гг. ремонтные работы были приостановлены и возобновились лишь в 1893 г., уже при новом наместнике. Иувеналий совершил постриги в 1885 г. будущего Варшавского архиепископа Иеронима (Экземплярского), в 1887 г. – будущего митрополита Михаила (Ермакова), а также Симеона (Поповича; впоследствии – основатель и архимандрит черногорского Дайбабского монастыря). Оказывал особое покровительство Алексию Киево-Печерскому (Шепелеву), защищал его от клеветы и доносов. В 1885 г. лавру посетил император Александр III, который имел с Иувеналием продолжительную беседу. 23 октября 1892 г. в Санкт-Петербурге на собрании Святейшего Синода состоялось наречение Иувеналия во епископа Балахнинского, викария Нижегородской епархии, которое совершили Киевский митрополит Иоанникий (Руднев), архиепископ Холмский и Варшавский Флавиан (Городецкий) и др. в присутствии товарища обер-прокурора Синода Владимира Карловича Саблера. В речи, произнесённой при наречении, Иувеналий признавался: «...Не громкая слава внешней деятельности, а скромная келия монаха и жизнь внутренняя, сокровенная со Христом в Боге, были моим идеалом с ранней молодости». Мещевский игумен Досифей (Силаев), узнав о епископстве Иувеналия, писал: «Я удивляюсь, как он решился в таких годах принять архиерейский сан и переменить своё высокое звание лаврского управителя и выйти из монашеской колеи» (Российская государственная библиотека). 25 октября 1892 г. Киевским митрополитом Иоанникием (Рудневым) в столичном Исаакиевском соборе Иувеналий был хиротонисан во епископа Балахнинского. 3 ноября 1892 г. прибыл на кафедру, поселился в нижегородском Печерском в честь Вознесения Господня монастыре. Был почётным членом братства Пресвятой Богородицы при Балахнинском Вознесенском соборе. Указом Синода от 3 сентября 1893 г. Иувеналий был переведён правящим архиереем в Курскую и Белгородскую епархию.