В годы наместничества Иувеналия в Александро-Невской лавре было основано Никольское кладбище с церковью во имя Николая Чудотворца (1871 г.), строилась церковь в честь Тихвинской иконы Божьей Матери (1869–1873 гг.), а в киновии – в скиту лавры на правом берегу Невы – возведён Троицкий собор (1868 г.). В столице Иувеналий «встретился с обстоятельствами, непримиримыми с требованиями его совести» – наместник конфликтовал с лаврским экономом, уличённым в симонии. 26 июня 1871 г. по болезни, но, главным образом, из-за стремления к уединённой молитвенной жизни, Иувеналий был уволен на покой в Оптину пустынь, поселился в скиту. Трудами Иувеналия близ кладбищенской церкви была устроена монастырская пасека, выстроены два братских корпуса (1875 г.). Здесь он продолжал заниматься переводами с греческого языка, подготовил вместе с иеросхимонахом Анатолием (Зерцаловым) перевод четвёртого тома «Добротолюбия» (М., 1872 г.), а также перевод на русский язык творений Петра Дамаскина (из третьего тома «Добротолюбия»), которые вышли отдельным изданием в двух частях (М., 1874 г.). Иувеналий написал несколько сочинений, в том числе «Монашескую жизнь по изречениям о ней св. отцов подвижников», «Для духовного руководства учёным инокам», а также «Жизнеописание настоятеля Козельской Введенской Оптиной пустыни архимандрита Моисея» (1882 г.). В предисловии к жизнеописанию Иувеналий указал основные черты, которые по его мнению должны характеризовать этот жанр: «Я старался как можно менее пускаться в личные рассуждения, а сопоставлять только факты, приводить по возможности более устные или письменные слова самого о. архимандрита». Среди наставников и друзей Иувеналия этих лет – старец и агиограф архимандрит Агапит (Беловидов), который за пять лет до возведения его в епископы увидел Иувеналия, тогда ещё архимандрита, сияющим, в архиерейском саккосе и омофоре. Вместе с другими насельниками Иувеналий беседовал с Львом Николаевичем Толстым, посетившим Оптину пустынь. 21 мая 1884 г. по инициативе митрополита Киевского Платона (Городецкого) Иувеналий был назначен наместником Киево-Печерской лавры, с 1890 г. одновременно являлся благочинным монастырей Киева и Киевского уезда. Служение Иувеналия в Киеве осложнялось отсутствием у него надёжного помощника, которому можно было бы доверять. Так, Иувеналий считал невозможным перевести в Киев на эту должность знакомого великоросса: «Пришлого наместника, назначенного митрополитом, в лавре ещё могли стерпеть. Но сам наместник не мог привести с собой ни одного монаха... Духовный собор не согласится. В Духовном соборе заседают упрямые хохлы. Здешняя братия не даст ходу новичку, жития ему не будет».