Когда попечением Ф.Ф. Исмайлова сумма доходов экзархата достигла более 100 тыс. руб. в год, появилась возможность отреставрировать кафедральные соборы, мцхетский Светицховели и тифлисский Сиони (см. Тбилисский Сиони) а также Алавердский во имя великомученика Георгия монастырь и собор в честь Преображения Господня в монастыре Самтавро в Мцхете. Наружные работы в Светицховели (стоимостью 30 тыс. руб.) были проведены при экзархе архиепископе Евгении. Вопрос о живописи, «обезображенной во время последнего нашествия персов» (разорение Восточной Грузии и Тбилиси иранским шахом Агой Мухаммад-ханом в 1795 г.), решался при экзархе архиепископе Исидоре. Синодальная контора предложила уничтожить её и расписать стены заново, однако император Николай I приказал «исправить и поддержать как монумент старины». По воспоминаниям Ф.Ф. Исмайлова, реставрировать росписи никто не брался, лишь в начале 1850 гг. церковный живописец Малахов, выполнивший аналогичные работы в Пицундском (Бичвинтском) соборе во имя апостола Андрея Первозванного, согласился на реставрацию; ему было выделено 5 тыс. руб. Однако живописец, уехавший в Москву на поиски материалов и помощников, неожиданно умер, и «предприятие… кончилось ничем». В Самтавро, по сведениям Ф.Ф. Исмайлова, проживали свыше десятка «произвольных подвижниц» (в то время в Грузии не было действующих женских монастырей), которыми управляла «благоразумной и строгой жизни» старица Дария, а после её кончины – её воспитанница княжна Самегрело Дария (Дадиани; в мемуарах Ф.Ф. Исмайлов приводит сведения из её биографии). Ф.Ф. Исмайлов указал, что строения Самтавро были отреставрированы на сумму около 15 тыс. руб.; освящена келлия, построенная на месте, где в IV в. подвизалась св. равноапостольная Нина. Экзарх архиепископ Исидор постриг подвижниц и их руководительницу в монашество, назначил монахиню Дарию настоятельницей монастыря; служил в обители причт из Светицховели. Синодальная контора составила штат, по которому на содержание монастыря выделялось около 800 руб. ежегодно; также обители были переданы огород и сад в Мцхете, приносившие доход свыше 1 тыс. руб. в год. На реставрационные работы в Алавердском соборе, «уважаемом не только христианами грузинского и армянского племени, но и непокорными горцами-язычниками и магометанами», было истрачено свыше 10 тыс. руб. Тифлисский Сиони снаружи был обложен плитами алетского камня жёлтого и голубовато-серого цветов, была поставлена решётчатая ограда и сделан подъезд к церкви, крыша перебрана, вызолочен крест, установлен одноярусный иконостас, обновлена роспись. Наместник Кавказа князь Михаил Семёнович Воронцов, узнав, что для росписи собора недостаточно средств, выделил 3 тыс. руб. и дал ссуду, а также предложил пригласить в качестве живописца князя Григория Григорьевича Гагарина, прибывшего в Тифлис по вызову М.С. Воронцова для росписи основанного в Тифлисе театра. Император одобрил предложение М.С. Воронцова и разрешил Г.Г. Гагарину годовое путешествие по Европе «для приискания образцов древней церковной живописи» (общая стоимость работ в Сиони составила 40 тыс. руб.). По инициативе Ф.Ф. Исмайлова были восстановлены и другие грузинские монастыри. Узнав о монастыре Марткопи от одного из чиновников синодальной конторы, побывавшего на празднике в день Нерукотворного образа Спасителя и наблюдавшего «необыкновенное стечение народа, грузин и армян», поклонявшегося Нерукотворному образу и мощам Антония Марткопского, Ф.Ф. Исмайлов посетил полуразрушенный монастырь и договорился с населением окрестных деревень о помощи в восстановлении обители.