В Тифлисе 1 тыс. кв. сажён церковной земли была отдана под застройку частным лицам; общая арендная плата составляла около 40 руб. в год; 4 тыс. кв. сажён оставались свободными и в 1844 г. едва не перешли в пользу города как пустующие. Ф.Ф. Исмайлов предложил разбить свободную землю на участки и раздать с торгов, церковь стала получать с них около 1,7 тыс. руб. в год. Благодаря усилиям Ф.Ф. Исмайлова доходы экзархата ежегодно индексировались и составили к 1853 г. более 73 тыс. руб. К концу 1842 г. проект Ф.Ф. Исмайлова об управлении церковными имениями в Грузии был окончательно готов. Ф.Ф. Исмайлов предлагал произвести передачу церковных имений в казну тремя способами: взять имущество и составить штаты на содержание церкви и ведомства; перевести имущество в казённое управление и числить как церковное, излишек обращать в пользу церкви; перевести имущество церкви в казну и оценить, выдавать духовному ведомству проценты (последний способ был отмечен Ф.Ф. Исмайловым как наиболее выгодный для церкви). По подсчётам Ф.Ф. Исмайлова, в 1853 г. в церковный фонд поступило бы 1,875 млн. руб. (за крестьян – 1,75 млн. руб.; за землю – 500 тыс. руб.; за прочее – 300 тыс. руб.). Проценты с этой суммы составили бы 75 тыс. руб. в год, доход с продажи свечей – 7 тыс. руб.; чистого дохода (25 тыс. руб.) было бы более чем достаточно на содержание экзархата. Однако Н.А. Протасов не дал разрешения Ф.Ф. Исмайлову приехать в Санкт-Петербург для разъяснения проекта, из-за чего, по словам Ф.Ф. Исмайлова, «церковь потеряла весьма много», передача имений в казну затянулась до 1853 г., доходы экзархата оказались более скромными. В 1841 г. Ф.Ф. Исмайлов получил чин статского советника. 12 ноября 1844 г. архиепископ Евгений был переведён на Астраханскую кафедру; на место экзарха был назначен архиепископ Могилёвский Исидор (Никольский), прибывший в Тифлис в начале февраля 1845 г. Ф.Ф. Исмайлов отметил, что «управление духовною частью в Грузии новым экзархом… облегчило» его работу; он считал архиепископа Исидора человеком «благоразумным, ревностным к службе и заботливым о духовной пользе края». Обретя в его лице единомышленника, Ф.Ф. Исмайлов принялся за упорядочение церквей и монастырей Грузии. Его поражали «бедность приходских церквей, упадок монастырей и разрушение древних исторических соборов…, несмотря на богатые владеемые или недвижимые имения». В Имеретинской епархии, по его подсчётам, было около 600 церквей; имущество приносило доход до 18 тыс. руб.; кутаисский кафедральный собор (Баграта храм) был разрушен, богослужения проводились на паперти. В Гурийской епархии (см. Гурийско-Мингрельская епархия) насчитывалось до сорока церквей, доходов хватало только на содержание епископа. В Мингрельской епархии – около 170 церквей; Самегрело (Мегрелия, Мингрелия), по описанию Ф.Ф. Исмайлова, «состоит на ленных правах и имеет своего владетеля, потомка царей Мингрельских, от которого зависит выбор и содержание епархиального начальника. Влияние экзархов на Мингрельскую епархию ничтожно»; церкви бедны, духовенство необразованно (были священники, не умевшие ни читать, ни писать). Ведомство Осетинской духовной комиссии, по оценке Ф.Ф. Исмайлова, составляли новообращённые горцы; в ведомстве насчитывалось около 150 церквей, существовавших за казённый счёт.