Около 800 незаконченных дел представляли собой тяжбы по церковным имениям, они были запущены в производство. Ф.Ф. Исмайлов разбирал запутанное дело о передаче церковных имений в казну. Духовное ведомство в Грузии содержалось на доходы с крестьян и с церковных оброков, из казны пособие не выплачивалось. Церковные владения были обширными, но «управление ими... не было устроено; управлялись они по-прежнему через архимандритов и протоиереев, под наблюдением экзарха и конторы. Св. Синод… имений хорошо не знал и предоставлял распоряжаться ими экзархам, как умели и как хотели». Ф.Ф. Исмайлов писал, что в Санкт-Петербурге «давно ходили вести», что грузинские имения расхищались духовенством и экзархом. Граф Александр Хритофорович Бенкендорф «или кто-то из министров» направил в Синод предложение ввести церковные имения в казну, а на содержание духовного ведомства Грузии отпускать средства из государственного казначейства. Все члены Грузино-Имеретинской конторы, по описанию Ф.Ф. Исмайлова, самостоятельного голоса не имели, поэтому проголосовали, как и экзарх, против предложения. Ф.Ф. Исмайлову удалось добиться отсрочки дела. Поняв, что в трудных делах ему «предстоит бороться с одним экзархом», Ф.Ф. Исмайлов предложил на вакантное место пятого члена конторы назначить обер-священника отдельного Кавказского корпуса, подведомственного лишь Синоду и обер-священнику армии и флота. 10 июня 1841 г. на эту должность был назначен обер-священник Михайловский. Ф.Ф. Исмайлов убеждал экзарха передать имения в казну, чтобы пресечь распространение молвы о расхищении церковных доходов, «позорящей духовенство». Собрав «лучшее грузинское духовенство, из князей и дворян», Ф.Ф. Исмайлов выяснил, что имения издревле жертвовали церкви из казны грузинские цари, и что волнений из-за передачи их обратно в казну, но уже российскую, быть не должно. Ф.Ф. Исмайлов убедил экзарха и составил план проекта о преобразовании управления церковными имениями в Грузии, синодальная контора одобрила его и отправила в Синод. Работая над проектом, Ф.Ф. Исмайлов собирал сведения о владениях ГПЦ. Экзарх архиепископ Евгений учредил в Тифлисе Комитет о гуджарах (грамотах); в его состав вошли Ф.Ф. Исмайлов и три члена синодальной конторы. Комитет просуществовал два года и занимался упорядочиванием жалованных грамот и других документов, выданных церквам и монастырям; переводом их на русский язык и сверкой старых переводов; выяснением степени сохранности текстов; установлением подлинности документов; выявлением утерянных грамот. Ф.Ф. Исмайлов писал, что самым громким делом в период его работы в комитете было дело о Руставском гуджаре, согласно которому Руставской епархии ГПЦ принадлежали имения, приносившие доход свыше 10 тыс. руб. серебром в год. Ф.Ф. Исмайлову «стоило большого труда и самой осторожной, скрупулёзной работы, чтобы оправдать Руставский гуджар», он «распутал все узлы неразгаданного документа», что было не под силу чиновникам Тифлисской губернии, Совету Главного управления Грузии и учреждённым специально для рассмотрения этого дела комитетам из светских и духовных лиц. Ф.Ф. Исмайлову удалось смягчить обвинение в расхищении церковных доходов, выдвинутое против духовенства.