В октябре 1840 г. Ф.Ф. Исмайлов выехал из Москвы. Он описывает «необыкновенное нищенство» в Туле и Орле из-за неурожая: «...Толпы бледных и с опухшими лицами крестьян, не десятками, а сотнями окружали нас у гостиницы». Люди уходили из домов, питались листьями и корой; Ф.Ф. Исмайлов видел много умерших, оставленных на дороге. В Орле он посетил знакомого ректора Орловской духовной семинарии Климента; в Курске – епископа Курского и Белгородского Илиодора (Чистякова); Ф.Ф. Исмайлов редактировал его книгу проповедей в Санкт-Петербурге; в Харькове – епископа Смарагда (Крыжановского), а также однокурсника протоиерея кафедрального собора (не назван) и своего ученика профессора И.В. Платонова. Рождество Ф.Ф. Исмайлов встретил во Владикавказе, а 6 января 1841 г., на Богоявление, молился в тифлисской церкви Квашвети. Ф.Ф. Исмайлова поразили ветхость облачений священнослужителей, неопрятность «нечёсаных и в лохмотьях церковников», грязные лампады и подсвечники в храмах. В тот же день он вступил в должность обер-прокурора. Главноуправляющий на Кавказе Евгений Александрович Головин, военный губернатор и члены синодальной конторы встретили его радушно. Ф.Ф. Исмайлов занялся разбором приостановленного «Дела о возмущении семинарии против начальства». Семинаристы, устроив бунт, забрали у эконома деньги и сами тратили их на продукты для учащихся. Ф.Ф. Исмайлов учредил следственную комиссию, в состав которой вошли член синодальной конторы из грузин, выборный священник и Ф.Ф. Исмайлов. Он привёл в порядок семинарию: прекратил экономическое своеволие учеников, назначил внеочередные экзамены и принял их у студентов. На следствии выяснилось, что семинаристы и грузинские преподаватели были недовольны русским инспектором, который вёл себя как «самовластный паша», грубо и жёстко, несмотря на приказы ректора, а экзарх игнорировал жалобы. В Синод была отправлена бумага, подписанная 70 студентами и тремя учителями, в которой сообщалось о деятельности инспектора. Инспектора временно отстранили, а студенты начали своевольничать. Ф.Ф. Исмайлов писал, что с точки зрения юриспруденции было бы справедливо «направить осуждение на экзарха», но это было невозможно по политическим причинам. Также нельзя было наказать учеников, можно было таким образом потерять всех студентов – по его признанию, семинария только «стала входить в норму русских семинарий…, грузины не терпели нашей школы» и вначале родителям выплачивались деньги за то, что они отдавали детей в духовную семинарию. Ф.Ф. Исмайлов ограничился наказанием инспектора. В канцелярии синодальной конторы никто не вёл учёта дел, архив отсутствовал, не было настольных и докладных реестров, для финансовой отчётности существовал лишь общий реестр, хозяйством занимался расходчик из писцов, внутренние распоряжения давались не через экзекутора, а «через кого попало». Ф.Ф. Исмайлов учредил архив, устроил казнохранилище, назначил казначея и определил экзекутора, пригласил пять–шесть писцов из семинаристов, установил время присутствия; дела были разобраны, около 4 тыс. сдано в архив, 1900 текущих дел занесены в реестры, и по ним составлены именные ведомости.