Однако увольнения Ф.Ф. Исмайлов не получил. Спустя два месяца Н.А. Протасов обратился к нему с просьбой помочь разобрать запущенные дела по Грузинскому экзархату. Ф.Ф. Исмайлов отмечал, что «о состоянии Грузии или Грузинской Церкви знали очень недостаточно как в Св. Синоде, так и в канцелярии обер-прокурора; всех лучше знал я». В Грузино-Имеретинской синодальной конторе должность обер-прокурора временно занимал старший секретарь. Н.А. Протасову стали поступать доносы на экзарха архиепископа Евгения (Баженова) и руководство Тифлисской духовной семинарии. Для рассмотрения дел был составлен комитет из чиновников, подчинённых обер-прокурору. Проекты резолюций комитета Н.А. Протасова не устроили, и он обратился к Ф.Ф. Исмайлову, который разобрался в ситуации. Вскоре Ф.Ф. Исмайлову было предложено занять должность обер-прокурора Грузино-Имеретинской синодальной конторы. Он видел, что управление Грузинским экзархатом не упорядочено, особенно в экономической части. Ф.Ф. Исмайлов изучил документы из архива Синода, касающиеся должности обер-прокурора, и выяснил, что не исполнялось поступившее в Синод в 1820 гг. распоряжение императора Александра I, в котором определялись права и обязанности обер-прокурора. Также он заметил, что в 1837 г. (после того как император Николай I посетил Кавказ и отметил, «как трудно жить и служить в Закавказье») работавшие в Грузии получили содержание, намного превышающее выплаты тем, кто трудился во внутренних областях России, но по духовному ведомству таких изменений произведено не было. Описывая финансовое положение Грузинского экзархата, Ф.Ф. Исмайлов отмечал, что в Грузии духовенство всегда содержалось на доходы с церковных имений; «содержание, с избытком достаточное» было бы возможно и сейчас, но «Синод не позаботился и заботу возложил на экзархов; прокурор не имел инструкции; контора действовала, как архиерейская консистория, а экзархи, обеспечив одних себя в содержании, не думали, да и не умели обратить на этот предмет должного внимания. Церковные имения управлялись сами собою: кто хотел, тот и запускал в них руку, – и светский, и духовный». Намереваясь принять предложение, Ф.Ф. Исмайлов просил Н.А. Протасова чётко определить круг полномочий и обязанностей обер-прокурора Грузино-Имеретинской синодальной конторы; увеличить штат конторы; уравнять содержание чиновников духовного ведомства с содержанием светских. Н.А. Протасов предложил Ф.Ф. Исмайлову самому написать инструкцию для обер-прокурора и составить справку о положении дел в Грузинском экзархате. Сокращённый проект Ф.Ф. Исмайлова был утверждён императором. 20 июля 1840 г. император Николай I подписал назначение Ф.Ф. Исмайлова на должность обер-прокурора Грузино-Имеретинской синодальной конторы. В дорожных воспоминаниях Ф.Ф. Исмайлов приводит биографические сведения о своём сокурснике, настоятеле Отроча в честь Успения Богородицы мужского монастыря архимандрите Платоне (Казанском), которого он посетил в Твери; рисует портрет и даёт краткое жизнеописание Игнатия (Брянчанинова), который, по утверждению Ф.Ф. Исмайлова, под руководством архимандрита Платона освоил почти весь курс богословских наук.