Ректора (1818–1826 гг.) архимандрита Никанора (Клементьевского; впоследствии митрополит Новогородский и Санкт-Петербургский) Ф.Ф. Исмайлов характеризовал как человека, служить при котором было «легко и приятно»; с профессорами и учителями ректор «держал себя благородно и обращался больше товарищески, нежели как начальник: мы его... чтили за доброту души… При нём все, и учащие, и учащиеся, дышали свободно». Преподаватель словесности и немецкого языка (1814–1830 гг.) И.И. Лилеев описан как образованный и умный человек, к советам и помощи которого Ф.Ф. Исмайлов нередко прибегал. Сокурсник по академии Т.И. Платонов преподавал в Вифанской духовной семинарии в 1820–1824 гг. и оказал влияние на Ф.Ф. Исмайлова. Эконома духовной семинарии иеромонаха Никандра (1814–1822) Ф.Ф. Исмайлов характеризует как строгого аскета, «любимого всеми», который охотно помогал студентам, «ставя последнюю копейку ребром». Когда в 1822 г. иеромонах Никандр был назначен строителем московского в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери монастыря, выяснилось, что у него почти нет личного имущества. Ректор отдал иеромонаху рясу, подрясник, камилавку и трость. В пустой сундук для имитации багажа семинаристы наложили поленьев, чтобы иеромонах Никандр мог «явиться перед братиею начальником». Духовника семинарии, ранее бывшего духовным отцом Московского митрополита Платона, Ф.Ф. Исмайлов описал как «бескорыстного и непритворной святости жизни» старца, к которому приходили со своими нуждами окрестные крестьяне и жители Сергиева Посада. «Готовый к близкой смерти», он спал в гробу, «но и тот часто выпрашивали у него люди бедные». Также Ф.Ф. Исмайлов привёл несколько случаев из жизни инспектора Вифанской духовной семинарии (1823–1828 гг.) молодого иеромонаха Феодота (Озерова; впоследствии архиепископ Симбирский) и эконома (1822–1834 гг.) иеромонаха Иннокентия (Солнцева). В 1822 г. к Ф.Ф. Исмайлову переехала овдовевшая младшая сестра с дочерью и с сыном старшей сестры. В 1820 гг. Российское библейское общество приступило к переводу Ветхого Завета. В Вифанской духовной семинарии был образован комитет по работе над переводом книги Исход; Ф.Ф. Исмайлов занимался сличением перевода, сделанного преподавателем Вифанской духовной семинарии с древнееврейского языка, с текстом Библии на французском языке; работа была отправлена в Московскую духовную академию и затем в комиссию духовных училищ. С 1826 г. Ф.Ф. Исмайлов читал в Вифанской духовной семинарии курс философии и курс психологии, для которого написал учебник на латинском языке. Во время ректорства (1826–1828 гг.) игумена Платона (Березина) Ф.Ф. Исмайлов заболел и подал прошение об отставке с тяготившей его секретарской должности. Не найдя взаимопонимания с новым ректором, он обратился к Московскому митрополиту Филарету (Дроздову), и тот предложил Ф.Ф. Исмайлову принять постриг, чтобы Ф.Ф. Исмайлов имел более широкий выбор рода деятельности. Ф.Ф. Исмайлов отказался. 29 декабря 1826 г. он был уволен с должности секретаря; в 1827 г., оставив церковную карьеру, получил чин восьмого класса.