Келья Иоанна Молчальника сохранилась до настоящего времени, она находится за пределами современной территории монастыря на восточной стороне ручья Кедрон и представляет собой башню, внутри которой на разных уровнях находятся собственно келья, цистерна и часовня, где можно было совершать также и евхаристию. Келья была сооружена, а затем перестроена ещё при жизни святого. Мощи Иоанна Молчальника видел в монастыре преподобного Саввы русский паломник игумен Даниил (1107 г.) («Хожение» игумена Даниила в Св. Землю в начале XII в. СПб., 2007 г.). Византийские синаксари чаще всего помещают память Иоанна Молчальника под 7 декабря, в других греческих календарных и агиографических сборниках его память встречается также под 3, 6, 8, 9 декабря, 8 января. В Римском Мартирологе – 13 мая. Самый древний перевод Жития Иоанна Молчальника на славянский язык содержится в Супрасльской Минее-Четье (XI в.). В славянском Прологе под 7 декабря помещено сказание об Иоанне Постнике, т.е. Иоанне Молчальнике. В Великих Минеях-Четьях митрополита Макария под 5 декабря помещена синаксарная заметка, посвящённая Иоанну Молчальнику (названному Иоанном Постником), в котором приводятся важные сведения по церковной истории Палестины. Так, в заметке сообщается, что Иерусалимский  патриарх Иоанн III отступил от православных положений четвёртого Вселенского собора в Халкидоне и впал в ересь монофизитства. Он принуждал Иоанна Молчальника присоединиться к ереси. Тот отказался, и, претерпев от патриарха бичевания, был вынужден уехать в Константинополь. Затем еретики заключили его в темницу в Халкидоне, где Иоанн Молчальник пребывал двадцать дней без хлеба и воды. Найдя его после этого живым, преследователи освободили его и прогнали из города. Иоанн Молчальник вернулся в лавру преподобного Саввы, где и скончался, сотворив много чудес и написав несколько книг против еретиков. По мнению исследователей, в основе этого сказания, скорее всего, лежит греческий оригинал, источником которого было несохранившееся пространное Житие. На то, что оно, по мнению исследователей, существовало, косвенно указывает ремарка в Житии Иоанна Молчальника Кирилла Скифопольского: «И это, отобрав из много немного, я изложил письменно, опустив рассказ о его борениях за веру... и гонениях, которые он претерпел по Евангелию за апостольские учения. Но рассказать о его подвигах я предоставляю другим писателям – ведь я прекрасно знаю, что многие... после его кончины постараются описать борения, гонения и опасности, которые он претерпел за православную веру...».