Основательные познания Исаака Аргира в астрономии не могли не сказаться в его трактате о методах исчисления пасхалии, написанном в форме ответа Андронику Инеоту. Здесь даётся описание классической пасхалии, основанной на 19-летнем лунно-солнечном цикле. Главным достоинством этого цикла, изобретённого ещё в III в., было практическое удобство, но в точности он уступал лежащему в основе таблиц Птолемея лунно-солнечному циклу Гиппарха (погрешность в одни сутки в последнем накапливалась через почти 14 тыс. лет, а в пасхальной «эннеакайдекаэтериде», математически тождественной циклу Калиппа, – уже через 311 лет). В результате к XIV в. указывавшиеся в пасхалии весенние полнолуния («еврейская Пасха») на несколько дней отличались как от реально наблюдавшихся полнолуний, так и от Песаха по иудейскому календарю, построенному на основе цикла Гиппарха. По расчётам Исаака Аргира, расхождение между данными таблиц Птолемея и пасхальных таблиц c 1411 г. должно было превысить полных двое суток. Но ещё большие расхождения вызывала описанная выше погрешность юлианского года, из-за которой астрономическое весеннее равноденствие сместилось с 21 на 14/15 марта. Сам Исаак Аргир вспоминает, что месячное расхождение между иудейским и христианским праздниками произвело на него в детстве большое впечатление (речь идёт, как полагают исследователи, о событии 1318 г.). В XIV в. все византийские учёные сознавали, что христианская пасхалия за несколько веков существенно отклонилась от заложенных в неё астрономических параметров (как полнолуний, так и весенних равноденствий), вследствие чего определение даты Пасхи оказывалось часто ошибочным. Однако реакция на это была различной. Если Никифор Григора уже в 1324 г. выдвинул перед императором Андроником II Палеологом проект пасхальной реформы, то Матфей Властарь в 1337 г. писал, что пасхальная аномалия «благочестию не причиняет ни малейшей порчи, но едва ли не прибавляет величия», поскольку всё более отдаляет христианский праздник от иудейского. Исаак Аргир, продолжая линию Никифора Григоры и с похвалой отзываясь о его проекте, не считает нормальным всё более усугубляющееся отклонение расчётов даты Пасхи «от правильности» и предлагает использовать на будущее более точный метод определения равноденствий и полнолуний. В этой связи он высказывает скептическое отношение к распространённым в Византии той эпохи ожиданиям скорого конца света в 7000 г. от сотворения мира: в противном случае менять пасхалию ради оставшихся несколько десятилетий действительно не имело бы смысла. Однако в конце трактата Исаак Аргир вынужден защищаться от обвинений в хуле на св. отцов, создавших традиционную пасхалию. Отвергая наветы, он пишет: «Мы стремились лишь показать, что как бы ни был составлен каноний, невозможно избежать ошибки, привносимой временем, поскольку мельчайшая и неощутимая в точности за малый срок разница в периоде с течением многих лет становится существенной». Насколько можно понять из пасхалистического трактата Исаака Аргира, он не разрабатывал собственной пасхалии, но пользовался реформированной пасхалией Никифора Григоры, где в лунные эпакты введена поправка +3, а пасхальная граница установлена исходя из весеннего равноденствия 17 марта.