Естественнонаучные. I. Астрономические. В этих сочинениях Исаак Аргир опирался на трактаты Птолемея и «Астрономическое трикнижие» Феодора Мелитиниота, использовал работы Никифора Григоры, уточняя и исправляя их (методы вычисления Пасхи, предложенные Исааком Аргиром, столь близки к способу, изложенному во втором письме константинопольского арифметика и геометра XIV в. Николая Артавазда Равды, что одно из сочинений последнего во многих рукописях исследователи приписывали Исааку Аргиру). Большие трактаты. 1. «Составление новых таблиц» (таблицы ежемесячных сизигий луны начиная с 1368 г.). Сочинение посвящено переводу астрономических таблиц Птолемея («Альмагест») от египетского летоисчисления на долготе Александрии к римскому календарю на долготе Константинополя. 2. «Составление новых таблиц соединений (солнца и луны, т.е. новолуний) и полнолуний» (оба трактата, как следует из надписания, составлены в 1368 г., а астрономические таблицы начинаются с 1 сентября 1367 г. (о двух вышеуказанных сочинениях, а также их использовании и критике в анонимном трактате в на основании исламской астрономической традиции, введённой в Византии Григорием Хониадисом и популяризованной Георгием Хрисококком). 3. «О солнечных и лунных циклах» (иногда в литературе называется «Пасхальные расчёты»). В некоторых рукописях трактат представлен в виде разрозненных частей или отдельных отрывков (например, трактат «Об апостольском (т.е. в честь апостолов Петра и Павла) посте» – по мнению исследователей, фрагмент из того же сочинения); трактат, посвящённый методу определения дня недели, которому соответствует данное число месяца (в рукописи – сжатое изложение второй главы трактата); последняя глава трактата была издана Иосифом Скалигером в 1595 г. Весь трактат впервые издан по-гречески с латинским переводом гейдельбергским профессором Якобом Кристманном в 1611 г. по рукописи Палатинской библиотеки, перемещённой затем в Рим, и переиздан в сопровождении нового латинского перевода Д. Пето (Petau, в латиниз. форме – Петавий). При этом издания отличаются друг от друга. Так, в издании Д. Пето отсутствует эпилог, который есть в издании Я. Кристманна, хотя эта публикация была известна Д. Пето. Напротив, конца четвёртой главы и всей восьмой, имеющейся в издании Д. Пето, нет у Я. Кристманна. Новое издание в сопровождении французского перевода было осуществлено аббатом Никола Гальма. Его издание отличается от предыдущих минимальным воспроизведением греческой диакритики, отсутствием названий многих подрубрик; в нём другое окончание главы об апостольском посте; и т.п. Трактат написан в конце 1372 г. (или начале 1373 г.) и посвящён «божественнейшему господину Андронику» (эпитет «божественнейший» вызывал большие трудности при истолковании, пока не было установлено, что речь идёт не об Андронике IV Палеологе, а об Андронике Инеоте – вселенском судье в Константинополе в 1369 г., переписывавшемся с Димитрием Кидонисом между 1369 и 1371 гг.). Исаак Аргир упоминает о Никифоре Григоре как о своём предшественнике и использует пасхальную таблицу Иоанна Дамаскина, улучшенную Никифором Григорой. 4. «Способ создания астролябического инструмента» (трактат написан в 1367/1368 г.; в выборе темы Исаак Аргир, как полагают исследователи, подражал своему учителю Никифору Григоре, но в целом трактат производит впечатление самостоятельного сочинения).