Исидор – кавалер всех орденов России, в том числе св. Анны второй (2 января 1833 г.) и первой (17 апреля 1837 г.) степени, св. Владимира второй степени Большого Креста (5 апреля 1845 г.) и первой степени Большого Креста (23 марта 1863 г.), св. Александра Невского (21 апреля 1850 г., алмазные знаки – 28 августа 1858 г.), св. Андрея Первозванного (27 марта 1866 г., алмазные знаки – 16 апреля 1872 г.); орденов Греции (Спасителя первой степени Большого Креста – 28 июня 1861 г.), Черногории (князя Даниила I Черногорского первой степени – 1881 г.). Был высочайше пожалован алмазным крестом для ношения на клобуке (19 апреля 1853 г.), панагией, украшенной бриллиантами, с правом ношения двух панагий (15 мая 1883 г.). Почётный член Духовных академий России (Киевской академической конференции – 30 июля 1854 г., Санкт-Петербургской и Московской – 24 февраля 1859 г.), Императорского Русского географического общества (29 января 1853 г.), Императорского Русского археологического общества, Королевского Копенгагенского общества северных древностей (член по русскому отделению – с 27 августа 1845 г., почётный член и фундатор – с 27 января 1859 г.), Императорской Академии Наук по отделению российской словесности (29 декабря 1857 г.); Комитета для всенародного распространения грамотности при Императорском Московском обществе сельского хозяйства (27 марта 1859 г.), Медико-хирургической академии (1861 г.), Общества восстановления православного христианства на Кавказе (31 декабря 1863 г.), Музея государя наследника цесаревича в Москве (26 января 1873 г.), Санкт-Петербургского (1861 г.) и Московского (15 октября 1877 г., за перевод Священного Писания и заслуги по народному просвещению) университетов и др. Почётный ктитор афонского скита апостола Андрея (пожертвовал 7 тыс. руб. на его первоначальное устройство). Первым из русских архиереев, достигнув 50-летия служения в епископском сане, Исидор был удостоен императором Александром III патриаршей чести – предношения креста во время служения (1884 г.). Первоначально Исидор выносил крест патриарха Никона, хранившийся в Троице-Сергиевой лавре. 30 августа 1885 г. в Александро-Невской лавре ему был вручён специально изготовленный восьмиконечный крест-посох «древневизантийского стиля» из серебра, украшенный драгоценными камнями (художник В. Васильев, мастер Г.Г. Петровский). На юбилейное торжество в Санкт-Петербург прибыли 22 иерарха, которых принял по просьбе К.П. Победоносцева император Александр III (до этого случая императорские приёмы архиереев не предусматривались). Исидора посетили семь великих князей и великая княгиня Александра Иосифовна. На торжестве 11 ноября 1884 г. Исидору были пожалованы от государя портреты трёх императоров, при которых он служил на кафедрах: Николая I, Александра II и Александра III (в рамке, осыпанной бриллиантами). От депутатов Санкт-Петербургского епархиального съезда Исидору были преподнесены икона Исидора Пелусиота, св. Александра Невского и св. Павла Исповедника, впоследствии переданная им в храм Александро-Невского духовного училища, и 100 тыс. руб. на устройство Исидоровских домов призрения.