На родине, в Новоникольском (ныне урочище, в 2 км к северо-востоку от деревни Большое Грызлово Серпуховского района Московской области), Исидор при помощи благотворителя Павла Григорьевича Цурикова возвёл большой каменный трёхпрестольный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы (с приделами святых Космы и Дамиана и Николая Чудотворца), в который передал хранившиеся у него частицы мощей нескольких святых, в том числе перст Тихона Задонского, часть древа Креста Господня и более 50 икон. 6–7 августа 1877 г. совместно с Тульским епископом Никандром (покровским) митрополит совершил чин освящения храма (в 1950 гг. был сломан). Впоследствии наследники Исидора устроили при церкви школу и попечительство в память иерарха. После кончины в 1867 г. Филарета (Дроздова) Исидор возглавил Комитет при Санкт-Петербургской духовной академии по переводу книг Ветхого Завета с древнееврейского языка на русский. Будучи сторонником перевода Священного Писания со времени учёбы в Санкт-Петербургской духовной академии, Исидор ещё в 1858 г. на Киевской кафедре организовал комитет, осуществивший за год перевод Евангелия от Иоанна и части Апостольских посланий. После назначения в столицу Исидор занимался организационной работой, проверял и корректировал окончательную редакцию священных книг. Три присутственных дня в неделю синодальные заседания посвящались только переводу текстов Библии, нередко Исидор собирал членов Синода по этому поводу и у себя в покоях. В Комитет по переводу книг Ветхого Завета входили профессора Моисей Александрович Голубев, Евграф Иванович Ловягин, Павел Иванович Савваитов, Даниил Авраамович Хвольсон и др. За основу были взяты Месопотамский Талмуд и в меньшей степени Септуагинта, переводы печатались преимущественно в приложении к журналу «Христианское чтение». Перевод, сделанный в Санкт-Петербургской духовной академии, был признан лучшим для издания. С 1860 по 1877 гг. на русском языке был издан Новый Завет, в 1868–1875 гг. – все ветхозаветные книги, в 1876 г. в одном томе опубликована полная русская Библия. По предложению Исидора 26 ноября 1876 г. Синод поручил Духовным академиям составить примечания к Библии для читателей-неспециалистов. За труды по переводу книг Священного Писания Исидор был награждён архипастырским посохом, усыпанным драгоценными камнями (5 сентября 1875 г.), митрой с крестом, также украшенной драгоценностями (27 марта 1877 г.). По скромности Исидор не претендовал на возведение его в степень доктора богословия (декабрь 1870 г.) и отказался от полагавшегося ему вознаграждения, объявив, что не может получать деньги за Слово Божье. Синодальным переводом в целом Исидор удовлетворён не был (кроме Евангелия от Иоанна, переведённого Филаретом). Исидор оставил небольшое литературное наследие. В 1876 г. было издано собрание его Слов и речей, объединившее опубликованные ранее многочисленные проповеди. По мнению исследователей, они разнообразны по тематике в зависимости от дня и места произнесения, отличаются простотой и ясностью языка, лёгкостью восприятия. Особый интерес для исследователей представляют дневники Исидора за 1881–1892 гг., сохранившиеся среди секретных дел Синода.