К обществу были присоединены московские общества поощрения трудолюбия и братолюбивое для снабжения неимущих квартирами. Человеколюбивое общество способствовало открытию пять церквей, Мариинского института для слепых девиц, Медицинского комитета, Попечительства, занимавшегося сбором пожертвований на воспитание бедных детей, Попечительного об учащихся общества, Попечительства о недостаточных ученицах Московской консерватории, Комитета для оказания помощи пострадавшим от народных бедствий и др. Исидор особо помогал Санкт-Петербургскому приюту для обращённых евреев. 23 октября 1866 г., 26 июня 1871 г., 2 ноября 1872 г., 22 мая 1874 г. «за обильные плоды христианской деятельности Человеколюбивого общества и постоянное расширение его благотворительности в пользу неимущих» Исидору были объявлены «монаршая признательность и благоволение». К 1881 г. в ведении Человеколюбивого общества находилось 138 благотворительных учреждений, его помощью пользовались 97 920 человек. Исидор добивался строительства домов для причта, подняв соответствующий вопрос 31 января 1863 г. на заседании Главного Присутствия. 31 июля 1864 г. Лесной департамент известил его, что по губерниям Юго-Западного края сделано распоряжение о бесплатном отпуске с казённых дач леса на строительство домов. В начале 1861 г. Исидор задумал устройство Дома призрения бедных духовного звания с училищем для сирот, принимая во внимание «беспомощное положение значительного числа вдов и сирот сельского духовенства». 15 августа 1863 г. был заложен Александро-Невский дом призрения бедных духовного звания (Невский проспект, 174), в котором 8 ноября 1869 г. Исидор освятил церковь в честь Боголюбской иконы Божьей Матери (не сохранилась). 18 июня 1870 г. состоялось торжественное открытие Александро-Невского дома, который включал богадельню для престарелых вдов и училище для малолетних сирот (на 1883 г. – 58 вдов и 89 сирот). В октябре 1882 г. к дому был приписан также «Александровский приют вдов с малолетними детьми духовного ведомства в память 25-летия царствования императора Александра II». 5 сентября 1875 г. к празднованию юбилея служения Исидора в священном сане благотворители учредили восемь стипендий митрополита «для призреваемых». В устройство Исидоровского дома призрения Исидор вложил около 80 тыс. руб. собственных сбережений и в 1886 г. освятил в нём церковь во имя Исидора Пелусиота. В 1880 гг. в Санкт-Петербургской епархии была открыта подписка на постройку двух Исидоровских домов призрения с квартирами для заштатных священно- и церковнослужителей, вдов и сирот: для столичных – при Ямской Крестовоздвиженской церкви и для остальных – в Новой Ладоге. С благотворительной деятельностью Исидора было тесно связано и попечение об образовании. Он участвовал в разработке устава Духовных семинарий и училищ (1867 г.) и Академий (1869 г.), окончательная редакция которого принадлежала обер-прокурору Синода Д.А. Толстому. В Санкт-Петербургском епархиальном женском училище (Невский проспект, 176) в 1885–1886 гг. по проекту архитектора Григория Ивановича Карпова была построена церковь во имя Исидора Пелусиота. Заботясь об образовании дочерей духовенства, Исидор открыл епархиальные женские училища: Державинское в Званском Знаменском монастыре и Деревяницкое (1875 г.) в Деревяницком в честь Воскресения Христова монастыре.