В источниках XVII в. И.Т. Лукошков упоминается как дидаскал; например, в «Сказании» инока Евфросина говорится о «краснопевцах», гордившихся «лукошковым учением». В «Сказании и зарембах» отмечено, что ученики «старых мастеров», в том числе и Лукошковы, «согласие и знамя гораздо знали» (Исторический музей). Не позднее середины 1590 гг. И.Т. Лукошков, по-видимому, овдовев, решил принять монашество. Пострижение дидаскала в иноки могло произойти в Соли Вычегодской (например, в строгановском Введенском монастыре или в посадском Борисоглебском монастыре, священники которого иногда избирались Строгановыми в духовные отцы), а возможно, и за её пределами. Исследователям известно, что, став монахом, Исаия вскоре оказался в Костроме. В Соли Вычегодской ещё некоторое время жил Иван Лукошков – как полагают исследователи, сын Исаии, который позже стал священником и переехал в Москву. Члены семьи Исаии выбыли из Соли Вычегодской к декабре 1614 г. Помеченная этой датой «деловая» на раздел между Андреем и Петром Строгановыми их «старово двора» у Благовещенского собора содержит положение о том, что Андрею достались кроме прочего пустующие «Лукошково место» и «Лукошково дворище» (Российский государственный архив древних актов). В писцовой книге по Соли Вычегодской 1620 г. приводятся более точные сведения: Андрей получил «на берегу у реки у Вычегды купленных три места», в том числе «место Ивашка Лукошкова» (Российский государственный архив древних актов). Следовательно, покидая Соль Вычегодскую, сын Исаии ещё не был священником; родительское подворье он продал Строгановым. В Костроме к концу 1590 гг. Исаия стал настоятелем Богоявленского монастыря (ныне костромской Богоявленско-Анастасиин монастырь). Исаия участвовал в Соборах для выработки обоснования прав Бориса Фёдоровича Годунова «на царство» (Российская национальная библиотека), а также подписал «Утверждённую грамоту» об избрании Бориса Годунова царём («с Костромы Богоявленского монастыря игумен Исайя»). В эти годы Исаия был известен как мастер знаменного пения, распевщик. Когда в сентябре 1601 г. он находился в Москве, то один из государевых певчих дьяков записал («взял») у него авторский «перевод» славника «О, колико блага». Список произведения хранился в библиотеке царских певцов (Российский государственный архив древних актов). С 1602 г. в источниках об Исаии говорится уже как об архимандрите владимирского в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужского монастыря, который при нём пользовался расположением царя. Уже в первый год архимандритства Исаия между монастырём и князем Иваном Михайловичем Барятинским возникло спорное дело о «сельце» Палашкине и деревней Середниковой в Юрьевском уезде, завещанных обители как вклад князем Замятней Бестужевым. И.М. Барятинский отрицал правомерность передачи монастырской братии «вотчины тестя своего», т.к. отсутствовало письменное подтверждение последней воли родственника. Однако царь Борис решил дело в пользу «Исайи с братиею» (Акты, относящиеся до юридического быта Древней России).