В январе 1602 г. епископ Гедеон (Балабан) устроил в местности Стрятин (ныне село Стратин Ивано-Франковской области, Украина) типографию (первым печатником в ней стал Симеон Будзына), для которой Исаия не позднее 1606 г. купил у львовского мещанина А. Мондровича оборудование. По мнению Ярослава Дмитриевича Исаевича, Исаия был одним из руководителей типографии князей Острожских, которую в 1603 г. перевели из Острога в Дермань, а около 1605 г. вернули в Острог. 10 февраля 1607 г. скончался епископ Гедеон (Балабан). Исаия, несмотря на отказ от претензий на Львовскую кафедру в 1602 г., исходатайствовал у короля привилей на Львовскую епископию. На основании этой грамоты не позднее 20 февраля Исаия обратился к духовенству и мирянам Львовской епархии с посланием, в котором заявил о желании стать Львовским архиереем, обещал хранить верность Константинопольскому патриарху и не посягать на права братств. По словам Исаии, на его хиротонию дали благословение епископ Гедеон и Александрийский патриарх Мелетий I Пигас. Однако, поскольку у Исаии вплоть до 1607 г. включительно, как свидетельствуют документы, сохранялись конфликты с клириками и мирянами Львова, против занятия им кафедры выступили Львовское Успенское братство и влиятельная часть духовенства. Наместник Львовской кафедры священник Григорий Негребецкий вместе с крылошанами опечатал львовский кафедральный собор св. Георгия и резиденцию епископа. В ответ Исаия, обвинив Г. Негребецкого в планах перехода в унию, во главе вооружённого отряда 12 февраля 1607 г. сбил замки с собора, забрал утварь и повесил на храм собственные замки. Исаия обвинил противников в неуважении к памяти епископа Гедеона, отпевание которого должно было состояться в соборе, но не могло пройти из-за конфликта Исаии с духовенством. Тогда же Исаия внёс в галицкие гродские книги запись о недопустимости вмешательства в дела православной Львовской епархии со стороны Львовского католического архиепископа, пытавшегося вернуть себе право назначать православных Львовских архиереев. 20 февраля 1607 г. Исаия заявил о желании примириться с Львовским братством и пригласил братчиков на похороны епископа Гедеона, назначенные на следующий день (Центральный государственный архив Ленинграда). Львовское братство прислало представителей, но отказалось признать Исаию епископом. В конфликте с Львовским братством Исаия получил поддержку от князя Константина Константиновича Острожского. 23 марта 1607 г. князь написал братчикам грамоту, в которой советовал сохранять мир и согласие с Исаией. 8 августа того же года князь отправил Исаие письмо, в котором высоко оценил деятельность рода Балабанов по защите православия и заявил, что считает себя обязанным помогать Исаие в борьбе за Львовскую кафедру. Исаия в ответ сообщил, что послал королю письмо с ходатайством о том, чтобы он «был захован при старом привилее своем, а нового абы нам не входило в Церковь нашу». Несмотря на поддержку князя К.К. Острожского и Константинопольского патриарха Кирилла I Лукариса, Исаия потерпел поражение в конфликте с Львовским братством. В 1607–1608 гг. он фактически управлял епархией, имея титул «архимандрит уневский, нареченный епископ Львовский, экзарх Константинопольского патриарха и строитель монастырей Острожчины», но не был хиротонисан во епископа. Львовским архиереем стал ставленник братства православной шляхты Иеремия (Тиссаровский), получивший от короля соответствующий привилей.