По устойчивому народному преданию, расстрелы в то время проводились в Тесницком лесу, на 162-м км Симферопольского шоссе, недалеко от Тулы. В начале 1990 гг. на этом месте был установлен поклонный крест. 8 января 1996 г. оптинские монахи отслужили там панихиду по Исаакию, с тех пор ежегодно служатся панихиды по всем расстрелянным. В 2001 г. была заложена часовня. 26 июля 1996 г. Исаакий был прославлен в Соборе Оптинских старцев в лике местночтимых святых, на Архиерейском юбилейном Соборе 2000 г. – общецерковно. Житие Исаакия издал в 1996 г. Виктор Васильевич Афанасьев. В документах, поданных на канонизацию, а также в литературе ошибочно указывалась фамилия Исаакия Бобриков. В формулярных списках монашествующих Оптиной пустыни, в документах из архивов УФСБ фамилия Исаакия – Бобраков, в метрических книгах Орловской губернии зафиксировано, что в деревне Остров проживали государственные крестьяне с фамилией Бобраковы. Сохранилось несколько фотоснимков Исаакия первой трети XX в. (архив Оптиной пустыни), послуживших основой для иконописцев при разработке образа святого. Наиболее известна оплечная фотография, где Исаакий запечатлён в рясе, клобуке и с наперсным крестом. Исаакий присутствует среди оптинской братии на коллективной фотографии, сделанной во время визита Макария (Невского) в Шамординский приют (1915 г., архив Оптиной пустыни). В ризнице Оптиной пустыни находится икона-пядница (1996 г.), на которой Исаакий написан в рост, в монашеском облачении (ряса, мантия со скрижалями) и клобуке, с наперсным крестом. У него правильные черты лица, пряди волос той же длины, что и разделённая надвое борода, выбиваются из-под клобука. В правой руке святой держит крест, левой опирается на посох. Те же иконографические черты повторяются на большинстве изображений Исаакия, включённых в настенные росписи Оптиной пустыни: св. ворот Иоанно-Предтеченского скита (2001 г., Ю.Н. Захаров), Казанской церкви (в руках крест и чётки; 2004 г., монахиня Мария (Левестан)), алтаря Владимирской церкви (с непокрытой головой; 2005 г., инок Алипий (Подковырин)), церковь архангела Михаила Иоанно-Предтеченского скита (в арке между столбами; 2010 г., Андрей Александрович Патраков). На св. воротах монастыря преподобномученик изображён вместе с исповедиком Никоном Оптинским (Ю.Н. Захаров, 2006 г., техника альсекко). Исаакий изображается в правой части композиции на иконах «Собор Оптинских старцев» 1980 – начало 1990 гг. (Введенский собор Оптиной пустыни), 1996 г. (Т.А. Мушкетова (Смирнова), Владимирская церковь монастыря), 1997 г. (игумен Ипатий (Хвостенко) и Димитрий (Ермолаев), Казанская церковь монастыря). Подобные иконы писались в мастерских Оптиной пустыни И.В. Кобрановой, Н.В. Радаевой и др. (например, икона в Преображенской церкви монастыря, 2006 г.) и в иконописной школе Московской духовной академии (2006 г., Наталия Валерьевна Масюкова, частное собрание). Образ Исаакия исследователи встречают среди изображений оптинских старцев, нарисованных пером монахини Марии (Добромысловой; 1950–1960 гг., Оптина пустынь). Существуют современные живописные и графические портреты святого, созданные на основе его фотографий (Оптина пустынь, частные собрания).