2 ноября 1548 г. митрополит Макарий обнаружил документы суда над Максимом Греком, в которых среди осуждённых назван Исаак Собака. Книгописец был обвинён митрополитом в неканоническом поставлении (как нераскаявшийся еретик), в связи с чем в феврале 1549 г. был созван церковный Собор. Судный список Исаака Собаки сохранился в одной рукописи с судным списком Максима Грека (оба текста тесно связаны в идеологическом и текстологическом отношении). Соборное деяние 1549 г. почти в равной мере направлено как против чудовского настоятеля, так и против покровительствовавшего ему бывшего митрополита Иоасафа. Исаак Собака своей вины не признал, о чём свидетельствуют его слова, цитируемые в судном списке: «Яз-деи к Данилу, бывшему митрополиту, о себе бити челом не посылывал, и дела мне до него нет – мало ли, что он пишет, то он ведает. Да и Иасафу-де есмя митрополиту о том не бивал же челом, чтоб он обо мне к Данилу посылал, то ведает Иасаф». Соборным решением Исаак Собака был лишён сана архимандрита и расстрижен, после осуждения отправлен на покаяние в Нилову Сорскую пустынь, где, как полагают исследователи, и скончался (архимандрит Макарий (Веретенников) высказал предположение о том, что в связи с судом над Исааком Собакой в 1549 Максим Грек написал послание Собору епископов «против Исаака, волхва и обманщика»; преподобный призывал епископов передавать «смутивших паству Христову» внешней власти для наказания). В качестве архимандрита Чудова монастыря Исаак Собака вызвал неудовольствие не только церковных, но и светских властей: как пример нетребовательного и нерадивого настоятеля он упоминается в послании царя Ивана IV Васильевича в Кириллов Белозерский монастырь. Исаак Собака является одной из центральных фигур в русском книгописании конца XV – первой половины XVI вв. Выполненные им рукописи, ценившиеся современниками, вероятно, прежде всего, за каллиграфическое искусство, имелись в библиотеках крупнейших монастырей: Троице-Сергиева, Кириллова Белозерского (в описи 1601 г. упоминается Евангелие письма Исаака Собаки), Иосифова Волоколамского (в описи книг 1545 г. фигурирует переписанная Исааком Собакой Псалтирь «в лист») и в книжных собраниях иерархов, например, митрополита Иоасафа. Исаак Собака владел несколькими типами письма: крупным литургическим полууставом с чётким разделением толстых и волосяных линий и менее монументальным (хотя и весьма каллиграфическим) полууставным письмом с курсивными элементами, число которых могло существенно варьироваться. Каллиграфические полууставные почерки, близкие к почерку Исаака Собаки, в 1550–1560 гг. были положены в основу московских кириллических шрифтов анонимных изданий и типографии Ивана Фёдорова.