Однако участие Исаака Собаки в работе над этим текстом может иметь, по мнению исследователей, и другое объяснение. В 1531 г. Исаак Собака был привлечён к процессу по делу Максима Грека и Вассиана (Патрикеева), об участии его в суде над преподобным Максимом в 1525 г. источники молчат. В судных списках Максима Грека и Вассиана (Патрикеева) не сообщается о даче Исааком Собакой показаний (в отличие от Михаила Медоварцева), упоминаются лишь переписанные Исааком Собакой книги. По результатам процесса Собор первоначально приговорил книгописца к ссылке в Юрьев новгородский монастырь, где его должны были «в крепости велицей держати». Вскоре, по мнению исследователей, в 1531 г., когда Исаак Собака ещё находился в Москве, он был обвинён в богохульстве, осуждён Собором и сослан в митрополичий Волосов во имя святителя Николая Чудотворца монастырь под Владимиром с тем же предписанием. Обвинение основывалось на словах Максима Грека на Соборе 1531 г. о «хулных строках» в списке Жития Богоматери Симеона Метафраста, над которым работали Михаил Медоварцев и Исаак Собака: «И Данил митрополит на том же священном Соборе велел чести перед Максимом те хулные еретические строки, что писали в Житии Пречистой Богородицы Михаиль Медоварцев да Исак Собака. И Максим Грек, выслушав, да о тех хулных строках рек: “То, господине, ересь жидовская, а яз так не переводил, и не писал, и писати не веливал... Аще ли буду таков хулу мудрствовал или писал, да буду проклят”». После низложения митрополита Даниила (1539 г.), при новом главе Русской церкви митрополите Иоасафе (Скрипицыне), с которым Исаак Собака, по мнению исследователей, был знаком ещё по Троицкому монастырю, книгописец получил свободу. Он был рукоположён во диакона, затем во иерея, не позднее 1542 г. поставлен архимандритом московского Симонова в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря. Обстоятельства церковного прощения книгописца остаются неясными, в его судном списке 1549 г. изложены две взаимоисключающие версии. Объясняя реабилитацию Исаака Собаки, митрополит Иоасаф (Скрипицын) ссылался на грамоту своего предшественника Даниила, которая, по его словам, имелась в митрополичьем архиве. Однако Нифонт (Кормилицын), игумен Иосифова Волоколамского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, утверждал, что Даниил, находясь на покое в Волоколамском монастыре, отказался дать сведения об «Исаковой ереси». При митрополите Макарии карьера Исаака Собаки на первых порах продолжилась: не раньше февраля 1544 г. (возможно, после 22 апреля 1544 г., когда чудовский архимандрит Михаил был хиротонисан во епископа Рязанского) он был поставлен архимандритом митрополичьего московского Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыря в Кремле.