Восставшие убедили перейти на сторону Исаака Ангел Константинопольского патриарха Василия II Каматира. Андроник Комнин безуспешно пытался подавить мятеж, а затем успокоить восставших, объявив о передаче власти своему сыну Мануилу. Когда толпа выломала дворцовые ворота, Андроник Комнин переоделся в варварские одежды и бежал, взяв жену Анну-Агнессу и любовницу Мараптику. Вскоре он был схвачен и доставлен в Константинополь, где по приказу Исаака Ангела его выдали на расправу толпе. Во время восстания были разграблены императорская казна, дворцовые сокровищницы и храмы (в том числе исчез сосуд, в котором хранилось письмо, по преданию написанное Иисусом Христом царю Авгарю). После вступлении на престол Исаак II Ангел освободил заключённых при Андронике Комнине и возвратил им конфискованное имущество. Также он заявил об отказе от членовредительства как от меры наказания преступников. Однако обещание Исааку II Ангелу сдержать не удалось. Позднее, оправдывая применение этих мер, он объяснял, что Андронику Комнину, отличавшемуся жестокостью, Богом (вероятно, в некоем пророчестве) было отпущено править девять лет, но тот властвовал лишь три года, и, таким образом, осталось ещё шесть «жестоких» лет, после которых он, наконец, станет милостивым правителем. Важнейшая задача Исаака II Ангела (укрепление императорской власти в провинциях, где постоянно вспыхивали военные мятежи) не была решена им до конца. Вскоре после восшествия на престол он предпринял попытку подчинить отложившийся от Константинополя Кипр под управлением Исаака Комнина, который провозгласил себя императором. После того как не удалось добиться повиновения с помощью дипломатии и денег, Исаак II Ангел снарядил флот из 70 кораблей под командованием Иоанна Кондостефана и Алексея Комнина, двоюродного племянника Исаака II Ангела. На подходе к острову флот попал в шторм; войско и военачальники были взяты в плен, а остатки флота уничтожил союзник Исаака Комнина пират Мегарит. Командующих продали сначала Мегариту, а затем королю Сицилии. В 1187 г. против Исаака II Ангела выступил командовавший византийскими войсками в Болгарии Алексей Врана. В Адрианополе (ныне Эдирне, Турция) Врана облачился в императорские одежды, и войско провозгласило его императором, после чего он осадил Константинополь. Обратившись за помощью к Конраду Монферратскому, Исаак II Ангел начал готовиться к снятию осады, отдав в заклад драгоценности из императорской казны, набрал войско. В битве у стен Константинополя он одержал победу, а Врана был убит. В 1188–1189 гг. в Филадельфии (Лидия, Малая Азия) поднял мятеж Феодор Манкафа. Вначале, опираясь на простолюдинов, он постепенно добился поддержки местной знати, был провозглашён императором и начал чеканку собственной серебряной монеты. За непродолжительное время Феодор Манкафа утвердился во всей области и склонил на свою сторону соседние регионы. Исаак II Ангел возглавил войско и отправился на подавление мятежа. Однако продолжительная осада Филадельфии не принесла результата, Исаак II Ангел был вынужден пойти на соглашение с Феодором Манкафой.