После оставления академии Ириней создаёт подробное «Описание церквей Чигиринского уезда». «Сокращённый Пролог, или Краткий церковный Пролог» в четырёх томах, по три месяца в каждом, составлен из «великого печатного Пролога, из Четий-Миней и из церковных месяцесловов»; помимо кратких жизнеописаний святых Ириней приводит на каждый день памяти краткое святоотеческое Слово (издан в 1876 г. Киево-Печерской лаврой). «Описание Златоверхого Киево-Михайловского монастыря» включает список всех настоятелей обители. «Сокращение и толкование находящихся во второй части Кормчей книги церковных правил о степенях родства» – переведённый на понятный современникам язык, искусно подобранный текст Кормчей книги, который был удобен для определения степени родства; «Сокращение...» было издано в 1876 г. в журнале «Руководство для сельских пастырей». Многие задуманные Иринеем сочинения остались неоконченными. Результатом начатого обширного труда о древней и новой киевской иерархии явилось введение (90 страниц); от летописи о российской иерархии сохранились лишь материалы («Приготовления к летописи»). 31 января 1807 г. последовал указ о наречении и посвящении Иринея во епископа Чигиринского, викария Киевской митрополии. 24 февраля была совершена хиротония. 16 апреля 1811 г. Ириней был награждён орденом св. Анны первой степени за заслуги в архипастырском служении и учёные труды. 7 февраля 1812 г. Ириней был назначен на Смоленскую кафедру. В самом начале войны он получил рескрипт от императора Александра I, в котором тот возложил на Иринея пастырский долг внушением и увещанием ободрять людей, убеждать их объединяться в борьбе против врага «как того требует долг и вера христианская». Ириней произносил «увещательные речи» (не сохранились). 5 августа неприятель вошёл в Смоленск; всё, что могло гореть (церкви, дома), всё запылало. Из города вынесли чудотворный образ Смоленской Божьей Матери; она была встречена Иринеем, при огромном стечении народа отнесена им в Москву и поставлена в церкви св. Василия Неокесарийского, что на Тверской-Ямской. До окончания военных действий в Смоленской епархии Иринею было назначено пребывание в Ярославле. Здесь он составил шесть «кратких Слов». 20 декабря Ириней прибыл в опустошённый Смоленск, где уже находился член Синода Рязанский архиепископ Феофилакт (Русанов), посланный для приведения в порядок тех епархий, которые были заняты неприятелем. Лихорадочная деятельность по восстановлению Смоленской епархии, к тому же наблюдение за Могилёвской епархией были не под силу слабому здоровьем Иринею. К этому присоединился разлад с архиепископом Феофилактом. Ириней подал прошение об увольнении его от Смоленской кафедры и переводе на прежнее место, в Киевскую митрополию. В августе 1813 г. Ириней вновь поселился в киевском Михайловском монастыре, где провёл последние десять лет жизни; был назначен епископом Чигиринским и коадъютором Киевской митрополии с вознаграждением за все лишения, которые пришлось претерпеть ему во время войны, единовременным пособием в 5 тыс. руб. Ириней принялся за восстановление порядка во внешней жизни монастыря: издал «Правила», целью которых было, чтобы никто из монахов не остался без послушания или без должности. Ириней стремился по возможности совершенно изолировать монашествующих от мирских соблазнов; также возродил «Русскую школу» и хор для детей.