В апреле 1936 г. Ириней выезжал в Сызрань к викарному епископу Петру (Гасилову); затем к Ульяновскому епископу Владимиру (Горьковскому), который из-за запрета городских властей Ульяновска предоставить регистрацию православному архиерею с правом совершения служб вынужден был проживать в Мелекессе (ныне Димитровград). Иринею удалось добиться согласия краевых властей на регистрацию для епископа Ульяновского с правом служения в кафедральном городе. Его деятельность была направлена на взаимодействие приходов на территории Куйбышевского края с гражданскими властями; Ириней требовал исполнения действующего законодательства, сильно ограничивавшего права религиозных организаций. Так, Ириней дал указания причтам церквей Инзенского и Базарносызганского районов, входивших в состав Ульяновской епархии, не снабжать Святыми Дарами или святым миром «бродячих» безместных священников, не имеющих государственной регистрации, поскольку «священник приходской, снабжающий бесприходных священников для их тайного, нелегального служения Святыми Дарами или святым миром, может оказаться невольным соучастником их незаконных деяний и подлежать вместе с ними законной ответственности». После ареста 1 августа 1937 г. Уфимского архиепископа Григория (Козлова) Ириней был назначен управляющим Уфимской епархией и таким образом стал именоваться «архиепископом по Куйбышевской и Уфимской областям». Ему удалось быстро сформировать новый состав клира кафедрального уфимского Сергиевского собора после ареста прежних членов вместе с архиепископом Григорием. Тем самым был предотвращён захват храма сторонниками епископа Руфина (Брёхова), главы автокефальной Уфимско-Челябинской епархии «андреевского» течения (см. Андрей (Ухтомский), епископ). Преследуя священнослужителей, проводивших нелегальные богослужения, власти продолжали закрывать последние действующие православные церкви. В 1937 г. в Куйбышевской епархии оставался единственный православный храм во имя апостолов Петра и Павла в областном центре; все остальные церкви были закрыты или захвачены обновленцами. 23 октября 1937 г. Ириней был арестован и заключён во внутреннюю тюрьму НКВД в Куйбышеве. Вместе с ним был арестован весь причт Петропавловской церкви, а также члены церковного совета и наиболее активные прихожане храма. Впоследствии были арестованы монахини, «административно высланные церковники» (в основном, из Ленинграда), духовенство и миряне епархии. Всего по делу проходило 269 человек. Ириней обвинялся в создании «фашистско-повстанческой церковно-монархической контрреволюционной организации», которая, по утверждениям следователей, включала как представителей патриаршей церкви, так и обновленцев, сторонников григорианского ВВЦС, «андреевцев» и др. По заключению следствия Ириней действовал по указанию «союзного объединённого церковно-сектантского антисоветского центра» во главе с Патриаршим Местоблюстителем митрополитом Сергием (Страгородским), а также обновленческим «митрополитом» Александром Ивановичем Введенским и главой ВВЦС епископом Виктором (Зориным), связанными с разведками Германии, Польши и Японии. Подобные утверждения свидетельствуют об имевшихся в 1937 г. планах НКВД полностью уничтожить руководство Русской православной церкви, а также других религиозных организаций. Ириней был расстрелян по приговору Особой тройки УНКВД по Куйбышевской области от 21 декабря 1937 г. Место захоронения исследователям неизвестно.