В 1899 г. было возобновлено проведение училищных съездов. В 1896–1898 гг. на хуторе Раёк был построен новый епархиальный свечной завод, который снабжал церкви епархии оливковым маслом, «экономическим» углём для кадил и церковным вином. 24 ноября 1897 г. Ириней освятил во имя князя Александра Невского новый храм в Каменце-Подольске, воздвигнутый в память 100-летия воссоединения Подолии с Россией, отмечавшегося в 1893 г. По его инициативе в 1898 г. был организован Подольский отдел Палестинского православного общества, в «Подольских епархиальных ведомостях» появилась новая рубрика, где печаталась епархиальная и школьная хроника, началась подготовка «Подольского народного катехизиса». В 1899 г. была проведена регистрация сирот духовного ведомства. 29 марта 1900 г. Ириней был перемещён на Екатеринбургскую и Ирбитскую кафедру. 2 мая уехал из Каменца-Подольска, 19 мая прибыл в Екатеринбург. При нём в епархии развивалось миссионерство, прежде всего, среди старообрядцев. 27 октября 1900 г. по случаю 100-летия учреждения единоверия Ириней отслужил в Троицкой (Рязановской) церкви в Екатеринбурге литургию в сослужении шести единоверческих священников по древнему чиновнику. Песнопения исполнялись знаменным распевом, служба, на которой присутствовали и некоторые беспоповцы, длилась 5 часов. Ириней заботился об открытии школ для девочек, при нём была преобразована в трёхклассную школа для подготовки псаломщиков, и введены курсы устава и церковного пения. Он упорядочил консисторское делопроизводство, организовал комиссию, разработавшую проект и смету (предполагалось размещение в доме зала для чтений и миссионерских собеседований, свечного склада, миссионерской библиотеки, архива) и занимавшуюся постройкой епархиального дома. При епархиальном управлении были учреждены церковный историко-статистический комитет и проповеднический комитет, который рассматривал проповеди, представляемые благочинными на утверждение епархиального начальства. При Иринее были открыты Каслинская и Нижнетагильская (см. Нижнетагильский в честь иконы Божьей Матери «Скорбящая» монастырь) женские общины и образован на основе женской общины Колчеданский Покровский монастырь. 28 марта 1902 г. император Николай II утвердил доклад Синода о переводе Иринея в Орловскую и Севскую епархию. 1 мая он выехал из Екатеринбурга, в Орёл прибыл поездом из Москвы 7 мая. На границе епархии архиерея встретили представители местного духовенства, а на вокзале – ректор семинарии с учениками, члены духовной консистории, городской голова Дмитрий Аркадьевич Карпов с членами управы и др. За время пребывания на Орловской кафедре особое внимание Ириней уделял развитию проповедничества, просвещению, образованию детей. Интересовался, что читают священнослужители, чему и как обучают детей, очень важным считал приобщение девочек к рукоделию.