До 1800 г. Ириней проживал преимущественно в Санкт-Петербурге. В мае 1800 г. сопровождал тело Александра Васильевича Суворова от Аничкова дворца до Александро-Невской лавры, где состоялись похороны полководца. Исследователи полагают, что именно Ириней подготовил подробное описание истории Псково-Печерского монастыря, чудес от Печерской иконы Божьей Матери с добавлением Житий св. князей Довомонта и Всеволода (Гавриила), Жития и чудес Саввы Крыпецкого и кратких сведений о блаженном Николае Саллосе. 30 августа 1814 г. Ириней был уволен на покой в Александро-Невскую лавру с «полным по последнему месту окладом пенсии». Скончался в лавре после длительной болезни, причастившись и соборовавшись. Погребён в храме св. Феодора Новгородского, в приделе Иоанна Златоуста (с 1842 г. – св. Феодора Новгородского), близ могилы архиепископа Евгения (Булгариса). Могила утрачена. По предложению академика Николая Яковлевича Озерецковского 24 сентября 1793 г. Ириней был избран членом Российской академии «по известному его отличному знанию и люблению российского слова», участвовал в составлении пятого и шестого томов «Словаря Академии Российской», регулярно посещал собрания академии, особенно в 1793–1794 гг., выступал с комментариями. В обширной научно-литературной деятельности Иринея особое место занимали переводы св. отцов с греческого языка, а также экзегетика «малых» ветхозаветных пророков, Посланий апостола Павла и Псалтири. Помимо сочинений Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Иустина Философа, Петра Хрисолога, архиепископа Василия Селевкийского Ириней перевёл с латинского языка два сочинения католического кардинала св. Роберта Беллармино: «О воздыхании голубицы…» и «О семи изречениях, от Христа на кресте провещанных». В 1794 г. Ириней исправил перевод бесед Иоанна Златоуста, выполненный ранее архимандритом Авраамием (Флоринским; в 1787 г. тираж перевода Авраамия был конфискован и 11 февраля 1793 г. сожжён по распоряжению императрицы Екатерины II). Переводы святоотеческих толкований, в частности, Иоанна Златоуста, Ириней исправлял по греческому подлиннику (исследователи отмечают «буквализмы, а также иностранные заимствования» в его переводах). В своих толкованиях Ириней ориентировался, в первую очередь, на труды Р. Беллармино. Так, при подготовке первого издания «Толковой Псалтири» Ириней использовал перевод Р. Беллармино (Рим, 1611 г.). Во втором издании (с авторским посвящением императору Александру I), сокращённом и исправленном на основе еврейского текста (Вена, 1757 г.), были учтены комментарии на Псалмы Феодорита Кирского и Жана Кальвина.