Содействовал восстановлению приписного храма во имя святых Космы и Дамиана на территории Боткинской больницы. Возглавлял работу созданного при храме Православного братства трезвости «Отрада и Утешение» по преодолению алкоголизма и наркомании среди населения, сотрудничая по линии братства с различными государственными структурами и службами наркологической помощи населению, а также по линии Моссовета, а позднее и мэрии Москвы в качестве члена Межведомственной комиссии Моссовета по делам больных алкоголизмом и наркоманией. С декабря 1998 г. входил в состав московского Епархиального совета. 15 декабря 2000 г. назначен благочинным храмов Всехсвятского округа Москвы. Постановлением Священного Синода РПЦ от 12 марта 2002 г. избран на архиерейское служение епископом Пермским и Соликамским. 16 марта возведён в сан архимандрита. 14 апреля того же года хиротонию Иринарха в московском храме Христа Спасителя возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В тот же день Иринарх был назначен почётным настоятелем воссозданной им церкви в честь иконы Божьей Матери «Отрада и Утешение» на Ходынском поле в Москве «с поручением забот по завершению благоустройства данного храма». За годы архиерейского служения Иринарха в Пермской епархии выросло число приходов и монастырей, особое внимание уделялось организации работы детских приходских воскресных школ; в Перми церкви было возвращено историческое здание архиерейского дома с крестовым Митрофаниевским храмом, таким образом начался процесс возвращения недвижимого церковного имущества. Епархии было передано несколько принадлежавших ранее церкви зданий. С декабря 2002 г. Иринарх являлся ректором Пермского духовного училища, переведённого в 2004 г. с двухлетнего на четырёхгодичный срок обучения, в декабре 2009 г. стал ректором образованной на базе училища Пермской духовной семинарии. С 2002 г. в Перми действует православная классическая гимназия, в 2005 г. были открыты иконописное училище и школа церковных художеств и шитья, в 2007 г. реорганизовано в самостоятельное учебное заведение Пермское регентское училище. В том же году было учреждено епархиальное отделение православных медицинских сестёр милосердия при Пермском медицинском колледже, в 2008 г. при Пермском государственном университете открыта кафедра теологии по специальности «эксперт в области теологии». В 2004 г. в Перми образовано Общество православных врачей, в 2005 г. – Православное братство трезвости, в 2006 г. учреждено Общество православных педагогов Пермского края, в 2008 г. восстановлено Пермское отделение Императорского Православного Палестинского Общества.