Участие в междоусобицах исследователи рассматривают как признак кризиса конгрегации на фоне возраставшей скандинавской агрессии и фактического утверждения в Ирландии примата епископства Ард-Маха, которому оказывали поддержку наиболее влиятельные князья. Консолидация власти в Шотландии в руках ирландско-пиктской династии способствовала интеграции шотландских обителей в местную церковную организацию и разрыву связей с ирландской частью конгрегации. Отрывочные упоминания в анналах позволяют исследователям полагать, что настоятели Ионы пытались предотвратить распад «общины Колумбы». С середины IX в. титул «аббат Ионы» («abbas Iae») в анналах всё чаще заменяется титулом «преемник Колумбы» («heres (comarba) Coluim Cille»), в котором не содержалось указания на конкретную обитель. Аббат Индрехтах (см. Индракт) в 849 г. посетил Ирландию с реликвиями св. Колумбы, а в 854 г. погиб, находясь в Западной Англии (цель и причины его путешествия исследователям неизвестны). Под 865 г. в анналах сообщается о кончине в стране пиктов (in regione Pictorum) Келлаха, сына Айлиля, аббата Ионы и Келл-Дары. Совмещение должностей настоятелей крупнейших церковных общин указывает на то, что вопреки усилиям руководства не допустить распада конгрегации её центр постепенно перемещался в Ирландию. В 878 г. реликварий св. Колумбы был доставлен в Ирландию (как полагают исследователи, в Кенаннас) «в бегстве от чужеземцев» («ria Gallaibh»), т.е. скандинавов. В VIII–IX вв. конгрегация утратила строго монастырский характер, обители постепенно приобретали черты обычного для Ирландии типа «церковного поселения», совмещавшего функции епископской кафедры, приходской церкви, монашеской общины и светского поселения протогородского типа. Руководящие должности во многих обителях стали наследственными (например, должность аббата Рехры с конца VIII в.), нередко один человек совмещал несколько должностей (в анналах упоминается об аббате Рехры и Дермага (850 г.), Дайре и других монастырей (882 г.)). Признаком интеграции в ирландскую церковно-иерархическую систему исследователи считают передачу в 891 г. должности настоятеля Ионы аббату Ард-Махи Маэл Бригде, сыну Торнана (ум. в 927 г.), принадлежавшему к роду Кенел Коналл. Впервые конгрегацию возглавил настоятель иной, более влиятельной церковной общины, в титуле которого Иона стоял на втором месте (comarba Patraic & Coluim Cille). Исследователи полагают, что Маэл Бригде не посещал остров Иона, со времени его избрания местопребыванием руководства конгрегации становится Ирландия (под 947 г.в анналах указана кончина аббата Ионы Каэнкомрака, который уже не был «преемником Колумбы» и главой конгрегации). Резиденция преемников Маэл Бригде, по мнению исследователей, находилась в Кенаннасе. Прекращение регулярных связей с Шотландией (главной причиной этого исследователи считают расселение скандинавов в Западной Шотландии и на Гебридских островах) и опасность распада конгрегации на самостоятельные обители принудили аббатов Кенаннаса подчеркивать непрерывность преемства в «общине Колумбы»: аббат Дубтах (927–938 гг.), двоюродный брат Маэл Бригде, носил титул «преемник Колума Килле и Адамнана» («comarba Coluim Cille & Adomnain»).