До 1896 г. старец руководил его восстановлением. Созданная Ионой Троицкая обитель была единственным общежительным мужским монастырём в границах Киева. Иона ввёл «строгие общежительные порядки», не позволял принимать братию из других монастырей, но только тех, кто приходили из мира. Если в 1869 г. в монастыре проживало 27 насельников, то в 1901 г. – уже 470. Около десяти иеромонахов Троицкой обители стали настоятелями других монастырей и скитов. По благословению Ионы настоятелем оренбургского Успенского Макариевского монастыря назначен отец Вениамин (Курач), Жаботинского Чубовского во имя преподобного Онуфрия монастыря – отец Евгений (Загородний), строителем и настоятелем Пречистенского скита в местности Церковщина – отец Мануил (Ковш; в схиме Серафим). Организатором скита на Зверинецких пещерах стал игумен Валентин (Коротенко). Из братии Троицкого монастыря неоднократно избирались и назначались настоятели оршанского в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря и Неклюдовского Борисоглебского скита Могилёвской губернии. Иона обладал даром исцеления, к нему обращались бездетные супруги, слепые, страдавшие от зубной боли, пьяницы, бесноватые. По свидетельству иеромонаха Илиодора, Иона «скрывал свою прозорливость, и она обнаруживалась случайно через тех людей, у которых удивительно оправдывалась мудрость советов старца». Искусный делатель умной молитвы, Иона «насаждал» её и среди своих учеников. Благодаря трудам настоятеля Троицкий монастырь стал известен далеко за пределами города. В статье «О желательной деятельности монастырей» (1888 г.) митрополит Антоний (Храповицкий) назвал Иону одним из шести лучших настоятелей XIX в., которые «считали… себя послушниками своей обители, а последнюю своим последним местопребыванием на земле». При Ионе в монастыре были построены собор Святой Троицы (1871 г.; расширен в 1897–1900 гг.), колокольня, жилые и хозяйственные корпуса. Кроме основной усадьбы имелось несколько земельных угодий, на которых выращивались овощи и фрукты. В двух из них были организованы скиты – Знаменский скит на Сырце в Киеве и скит в честь Покрова Пресвятой Богородицы в селе Жужмановка Полтавской губернии (к началу XX в. площадь монастырской усадьбы составляла 21 десятину 500 сажень). Настоятель охотно принимал в монастыре странников и заботился о нищих, ежедневно около 400 паломникам предлагались двухразовое горячее питание и ночлег в гостиницах. Также на средства обители содержалась школа для мальчиков-сирот. В декабре 1899 г. Иона в связи с преклонным возрастом и болезнями был освобождён от управления Троицким монастырём, проживал в небольшом деревянном домике (1884 г.; в 1950 гг. снесён при закладке Ботанического сада АН УССР). 15 декабря 1901 г. Иона соборовался и до самой смерти ничего не ел, ежедневно причащался и пил св. воду. Сразу после кончины Ионы настоятель Выдубицкого монастыря архимандрит Евлогий отслужил первую панихиду по старцу. В последующие дни непрестанно совершались заупокойные богослужения, 10 января гроб с телом преподобного был перенесён в Троицкий собор обители. 12 января 1902 г. пребывавший на покое епископ Сильвестр (Малеванский) и около 60 клириков совершили отпевание Ионы и погребение в склепе под храмом.