С 1930 г. – обновленческий архиепископ Бакинский и председатель Закавказского митрополичьего церковного управления. 2 (по другим данным, 9) июня 1931 г. был возведён обновленцами в «сан митрополита». Согласно некоторым источникам, входил в состав «комиссии по изысканию средств борьбы против староцерковничества», учреждённой Ленинградским обновленческим митрополитом Николаем Платоновым и возглавляемой Александром Ивановичем Введенским. 29 декабря 1934 г. переведён в Алма-Ату, назначен обновленческим митрополитом Казахстанским и председателем Казахстанского митрополичьего церковного управления. 24 ноября 1936 г., согласно прошению, уволен за штат, как полагают исследователи, по причине несогласия по некоторым вопросам с обновленческим руководством. Жил в Тамбове на иждивении сына. 14 (по другим данным, 10) марта 1944 г. принёс покаяние Патриарху Московскому и всея Руси Сергию (Страгородскому) и был принят в сане протоиерея как клирик Тамбовской епархии. Был определён к архиерейскому служению, отказался от первого назначения на Пензенскую кафедру. 18 марта того же года Дмитровским епископом Иларием (Ильиным) пострижен в монашество с именем Иона и в тот же день наречён во епископа Воронежского и Острогожского в Москве в зале заседаний Московской патриархии. 19 марта состоялась епископская хиротония Ионы. Хиротонию в соборе Богоявления в Елохове возглавил патриарх Сергий в сослужении Крутицкого и Коломенского митрополита Николая (Ярушевича), Курского и Белгородского епископа Питирима (Свиридова; впоследствии митрополит), Дмитровского епископа Илария. 9 апреля 1944 г. Иона прибыл в Воронеж; время его служения на кафедре пришлось на последний год Великой Отечественной войны. Организовал в епархии сбор средств на нужды обороны, помощь раненым, а также «на залечивание ран, нанесённых войной». По праздникам в храмах проводился тарелочный сбор, во многих приходах делались отчисления в пользу государства из общих церковных сборов. Всего под руководством Ионы в Воронежской епархии было собрано более 400 тыс. руб. Иона начал возрождение канонической церковной жизни в Воронежской епархии. Было организовано шесть благочиннических округов, открыт 21 храм, в 60 храмах произведён ремонт. При Ионе была предпринята первая попытка возвращения мощей Митрофана Воронежского. В феврале 1945 г. возведён в сан архиепископа. Отпевание Ионы 30 мая 1945 г. возглавил Курский и Белгородский архиепископ Питирим (Свиридов). Иона был погребён за алтарём Никольского собора, в тот момент кафедрального.