Клир и миряне не хотели признавать власть Римского первосвященника и «отступать от древнего благочестия», от подчинения Константинопольскому патриарху, которого Иона в то время, как видно из документа, продолжал поминать за богослужением, хотя и дал ранее обязательство подчиниться папе. Протест, внесенный в пинские гродские книги, подписало не только белое духовенство, но и представители монашества: лещинский архимандрит Елисей (Плетенецкий) и игумен пинского во имя великомученицы Варвары женского монастыря Евфимия (Войнянка-Сновская). Все подписавшиеся обязались в случае принятия епископами унии не признавать их и считать клятвопреступниками. Иона присутствовал на унийном Брестском соборе. 6 октября 1596 г. он встречался с шестью депутатами от православного Брестского собора, приглашавшими митрополита Михаила (Рогозу) и других епископов присоединиться к ним. Митрополит к депутатам не вышел, послав ответ через Иону. В православном Брестском соборе участвовали многие представители духовенства Пинской епархии: протопоп Димитриевского кафедрального собора Пинска Феодор, архимандрит Елисей (Плетенецкий) и др. Все они за нежелание принять унию митрополитом Михаилом (Рагозой) были лишены сана. В 1596 г. из 14 приходских церквей Пинска только Димитриевский кафедральный собор и Рождество-Богородицкий храм перешли в унию, остальные 12 приходов и два монастыря (великомученицы Варвары и Лещинская архимандрития) остались православными. Во втором кафедральном городе епархии Турове все храмы, объединённые в Турово-Ильинскую протопопию, отказались признать власть Ионы и перейти в унию. Непрочность власти Ионы исследователи объясняют тем, что Туров и ряд других населённых пунктов Пинско-Туровской епархии принадлежали князю Константину Константиновичу Острожскому, влиятельному защитнику православных, открывшему в Турове школу. В 1597 г. грамотой короля был смещён с должности настоятеля Лещинской обители архимандрит Елисей (Плетенецкий); пользуясь поддержкой братии, он продолжал управлять монастырём до 1605 г., когда монастырь захватил униатский Владимирский и Брестский епископ Ипатий Потей. Не подчинившийся Ионе протопоп Феодор умер в начале 1598 г. православным, но его сын Андрей, кандидат на должность протопопа, был обязан королевской грамотой от 10 апреля 1598 г. принять иерейскую хиротонию от Ионы. В донесении в Рим в августе 1602 г. папский нунций Г. Маласпина писал о смерти Ионы. Полоцкий епископ Мелетий (Смотрицкий), в то время православный, в сочинении «Тренос» (т.е. «Плач единой святой кафолической апостольской Восточной Церкви»), перечисляя беды, постигшие епископов-униатов, ссылался на свидетельства очевидцев смерти Ионы, которые утверждали, что тот, будучи пьян, сломал шею и умер без покаяния и причащения.