В феврале 1926 г. митрополит Сергий назначил управляющим Иркутской епархией Нижнеудинского епископа Евсевия (Рождественского). Однако Ираклий не признал это назначение и продолжил управлять поддержавшими его десятью приходами Иркутска, тогда как епископу Евсевию подчинялось лишь четыре прихода. 15 июня 1926 г. митрополитом Сергием Ираклий был повторно назначен управляющим Иркутской епархией, однако 18 ноября того же года на эту должность был определён Охотский епископ Даниил (Шерстенников). Всё время пребывания в Иркутске Ираклий находился под следствием губотдела ГПУ по обвинению в «распространении ложных слухов и антиправительственной агитации». 12 апреля 1927 г. он был арестован, содержался в одиночной камере изолятора специального назначения в Иркутске, затем был этапирован в Красноярск. Проходил по одному делу с епископом Даниилом и большой группой иркутского духовенства. Обвинялся в «антисоветской агитации», проведении нелегальных собраний духовенства и мирян и организации комитета помощи «разному антисоветскому элементу, содержащемуся в тюрьмах и находящемуся в ссылке за контрреволюционные деяния». Ираклий на допросах отверг обвинения в антисоветской деятельности. «Я полагал и теперь полагаю, – говорил он, – что я имел право приглашать и просто принимать приходивших для беседы по церковным делам». 1 июля 1927 г. приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ к трём годам ссылки в Туруханский край. По другим данным, отбывал ссылку в Красноярске. После окончания срока ссылки в сентябре 1930 г. Ираклию было запрещено проживание в крупнейших городах СССР, а также в Иркутске. В том же году был назначен епископом Камышинским, викарием Саратовской епархии (по другим сведениям, это назначение было в 1928 г.). 16 сентября 1931 г. стал епископом Бугурусланским, викарием Оренбургской епархии (до лета 1933 г.). С 19 ноября 1933 г. – епископ Курганский, с 5 декабря 1934 г. – епископ Сергачский, викарий Горьковской епархии. С 30 сентября 1935 г. – вновь епископ Бугурусланский (до ноября 1936 г.). 21 января 1937 г. в третий раз назначен на Бугурусланскую кафедру. Частые перемещения, очевидно, были связаны с действиями местных властей, препятствовавших Ираклию в служении. 22 февраля 1937 г. назначен епископом Пензенским и Саранским. Фактически Ираклий управлял единственным оставшимся у православных этой епархии кладбищенским храмом во имя св. Митрофана Воронежского на окраине Пензы. На Пасху 1937 г. маленькая церковь могла вместить лишь часть верующих, остальные стояли на улице. 22 декабря 1937 г. арестован в Пензе с клиром прихода. Вместе с ним по делу о «контрреволюционной церковно-монархической организации» проходили обновленческий Пензенский «архиепископ» Сергий Сердобов с группой обновленческого духовенства. Ираклий содержался в пензенской тюрьме, во дворе которой был расстрелян вместе с другими осуждёнными по решению Особой тройки НКВД по Тамбовской области (Пенза в 1937–1939 гг. входила в состав Тамбовской области). Казнь Ираклия была засекречена. После того как патриарх Сергий обратился к советским властям с просьбой об амнистии осуждённых архиереев, 11 января 1944 г. председатель Совета по делам РПЦ Георгий Григорьевич Карпов сообщил, что Ираклий относится к тем, кто «отбыли своё заключение по суду и освобождены, но местонахождение их в настоящее время неизвестно».