Князь Константин Константинович Острожский, много внимания уделявший монастырям в своих владениях, обратился к игумену Угорницкой обители, чтобы тот направил «блаженного трудолюбца» Иова в Дубенский Крестовоздвиженский монастырь (одна из фамильных обителей князей Острожских, известна с 1547 г.) «показати образ трудолюбного и богоугодного жития». Исследователи полагают, что Иов должен был ввести в Крестовоздвиженской обители общежительный устав. Вскоре после его прибытия в Дубенский монастырь, приблизительно в 1590 гг., братия против воли преподобного избрала его игуменом. По свидетельству Жития, Иов управлял Дубенской обителью больше 20 лет, но его имя не значится в многочисленных сохранившихся монастырских документах рубежа XVI и XVII вв. Объяснение этому факту предложил протоиерей А.Ф. Хойнацкий. В 1582–1602 гг. титулярным игуменом Дубенской обители был престарелый инок Василий; в монастырских актах сообщается, что вместо него дела вели в тот период другие монахи (которых также могли называть игуменами): в 1598–1600 гг. – Глеб, в 1601–1602 гг. – «казнодей» (проповедник) Виталий, который в 1604–1608 гг. управлял монастырём как настоятель (при Виталии – авторе перевода сочинения «Диоптра мирозрительная, или Зерцало известное, указующее суету мира» Дубенский монастырь стал центром полемики православных с католиками). Как полагают исследователи, Иов возглавлял Дубенский монастырь раньше Глеба и Виталия – в 1590 гг., был настоятелем меньше десяти лет. В конце XVI в. князь Константин Константинович Острожский щедро помогал Дубенской обители. 15 июня 1599 г. князь передал монастырю часть доходов от села Студянка с сенокосом, «острова Иванского става» Горбачин и Пантелеимон-Климент на реке Иква «с почвами, полями и огородами, которые лежат на сеножатях круг болот Горбачинских», села Выгнанка и десятину урожая из сёл Иванье и Знесенье. Великий пост князь К.К. Острожский обычно проводил в одном из островных монастырей в Дубно (Крестовоздвиженском или Преображенском) в монашеской одежде и по монастырскому уставу. Иов поучал братию Дубенского монастыря, подкрепляя словесные наставления собственным примером. По примеру своего покровителя князя К.К. Острожского преподобный заботился о распространении духовных и богослужебных книг. Насельники Дубенского монастыря осуществляли переводы святоотеческих творений на церковнославянский язык. Как отмечено в Житии Иова, в Дубно святой «писанием книг церковных упражняшеся». По словам биографа Иова, все окрестные страны святому «стужаху... честию и похвалами». Тяготясь этим, преподобный решил искать новое место для подвигов. Кроме того, желанию Иова покинуть Дубенский монастырь могли способствовать действия князя Константина Константиновича Острожского по примирению с униатами. Иов тайно оставил Дубенский монастырь и поселился в расположенном неподалёку Почаевском монастыре. По мнению протоиерея А.Ф. Хойнацкого, это произошло около 1600–1602 гг., по мнению священника В. Левицкого – не позднее 1607 г., в любом случае – при жизни князя К.К. Острожского, который умер в 1608 г. Исследователи находят примечательным, что в 1607 г. в Почаевском монастыре значительно увеличилось число насельников, возможно, вследствие перехода туда части монашествующих из Дубно.