В монастыре были сооружены сорок келий и хозяйственные постройки. Маргаритин скит после возведения в 1782 г. деревянной часовни в честь Покрова Пресвятой Богородицы стал Покровским женским монастырём. Благоукрашение часовни завершили преемницы Маргариты – инокини Евпраксия и Митродора. Анфисин скит стал Средне-Успенским женским монастырём после постройки в 1796 г. часовни в честь Успения Божьей Матери. В начале 1790 гг. Сергия (Юршева) продолжал беспокоить вопрос о правильном поставлении старообрядческих священнослужителей. В 1786 г. Астраханский архиепископ Никифор (Феотоки) разослал по епархии окружное послание, в котором призывал вернуться в церковь ранее отпавших от неё. Сергий составил 15 вопросов о вероучении православной церкви и подал их архиепископу Никифору в 1790 г. с прошением, в котором от имени всего старообрядческого общества обещал присоединиться к церкви, если ему будут даны удовлетворительные ответы. Архиепископ Никифор написал «Ответы на вопросы иргизских раскольников и рассуждение о святом мире». Он утверждал, что старообрядчество не может именоваться истинной церковью, т.к. в нём нет единства, иерархии и таинств, истинной является только греко-российская церковь. Сергий разослал списки «Ответов...» по Иргизским монастырям и другим поповским общинам, за что в 1791 г. был лишён настоятельства. Начавшееся сближение Сергия с православной церковью было во многом связано с его стремлением занять первенствующее положение на Иргизе при поддержке В.А. Злобина, также желавшего найти компромисс с православной церковью. Вновь став настоятелем в 1793 г. и найдя в обители нарушения устава при слабом настоятеле Кирилле, Сергий стал наводить порядок и более решительно выражать свои намерения, что привело к новому увольнению его в 1795 г. Сергий отправился в Санкт-Петербург и подал там прошение о принятии его с братией в ведение Казанского православного архиерея с дозволением отправлять богослужение по старопечатным книгам. В императорском рескрипте от 19 июня 1796 г. на имя Казанского архиепископа Амвросия (Подобедова) последовала желаемая резолюция. Иргизские старообрядцы были возмущены и постановили не допускать Сергия на Иргиз. На состоявшемся 22 октября 1796 г. в Вольске собрании в качестве свидетельства обвинения было зачитано сочинение Сергия «Разглагольствия...» (Российская национальная библиотека). В ответ Сергий подал на Нижне-Успенский монастырь в суд, обвинив братию в невозвращении якобы одолженных у него денег. Дело было решено в пользу монастыря. В соответствии с мировой челобитной о невзыскании с монастыря денег Сергий обязался «в монастырь... ни под каким видом не входить на жительство ни на малое и в... духовных делах не мешаться» (Исторический музей). Единомышленников Сергия из монастыря изгнали. Сергий обращался за содействием к губернатору. Не получив поддержки, в том же году он уехал в Стародубье, был рукоположён во иерея и поставлен настоятелем Успенского единоверческого монастыря. В 1799 г. вышел в свет его труд «Зеркало для старообрядцев, не покоряющихся православной Церкви», в котором автор оправдывал свои действия и осуждал практику приёма «беглых попов». В 1797 г. был издан указ об освобождении иргизских иноков от рекрутской повинности.