К 1942 г. в Ладомирове отдельными малоформатными книгами печатались Евангелия от Матфея, Луки и Иоанна (общим тиражом 200 тыс. экз.), к июлю 1942 г. были отпечатаны первая часть Требника (состоявшего из четырёх частей), четыре части второго издания Великого сборника и богослужебная Псалтирь, два выпуска Служебника и ряд миссионерских изданий; впервые были отпечатаны напрестольные Евангелия (3 тыс. экз.). С 1 января 1943 г. «Православная Русь» была закрыта так же как и 109 других газет и журналов в рамках проводившейся в Словакии политики экономии бумаги. За время перерыва в издании газеты было выпущено два номера журнала «Летопись Церкви. Церковно-литературный сборник». С 10 июня того же года выпуск «Православной Руси» возобновился. Проходившее с 21 по 26 октября 1943 г. в Вене под контролем немецких властей совещание архиереев РПЦЗ отказалось признать каноничность избрания митрополита Сергия (Страгородского) на патриарший престол. Венское совещание постановило считать газету «Православную Русь» общецерковным органом и изыскать средства для перехода на еженедельное её издание (не было осуществлено). В конце 1943 г. в Ладомирове вышел последний «Православный русский календарь» на 1944 г. Последней опубликованной братством в Ладомирове книгой стал Требник (5 тыс. экз.), появившийся в середине мая 1944 г. 21 июля того же года в Ладомирове был издан последний (382/383) номер газеты «Православная Русь». В послевоенный период издательская традиция типографии в Ладомирове продолжилась сразу в нескольких центрах: в крупнейшей типографии РПЦЗ в джорданвиллском Троицком монастыре (США) и небольших русских церковных типографиях в Гамбурге, Мюнхене, Лондоне, Бразилии и Канаде. Новые издательства обязательно помещали в своих изданиях логотип «Книгопечатни преп. Иова Почаевского». 31 июля 1944 г. ввиду приближения советских войск в соответствии с указанием первоиераха РПЦЗ митрополита Анастасия (Грибановского) «в случае прихода большевиков, взяв с собой главные святыни, всей братии уходить всеми возможными путями» началась эвакуация большей части насельников из Ладомировы. Часть братии переселилась в Братиславу, другая часть – в Германию. После эвакуации в селе Ладомирове остались лишь три насельника: игумен Савва (Струве; с января 1945 г. – архимандрит), монах Вячеслав (Нестерёнок [Нестеренко]) и послушник В. Винокуров. В ходе боевых действий осенью 1944 г. здания миссии в Ладомирове были практически полностью разрушены, уцелел лишь монастырский храм. В 1945 г. игумен Савва (Струве) подал местным властям прошение о возмещении материального ущерба, нанесённого обители. Общую сумму ущерба он оценил в 1 860 762 чехословацкие кроны. Однако компенсация выплачена не была, и обитель в Ладомирове больше не возрождалась. В октябре 1945 г. игумен Савва в качестве главы делегации духовенства епархии передал прибывшему в Прагу епископу Орловскому и Брянскому Фотию (Топиро) прошение о приёме словацких православных общин в юрисдикцию РПЦ. 20–21 ноября 1945 г. в Ладомирове при участии епископа Мукачевского и Пряшевского Владимира (Раича) состоялось собрание приходского духовенства словацкой части епархии, участники которого обратились к епископу с прошением «отпустить» словацкие приходы в юрисдикцию РПЦ.