7 февраля 1702 г. Дионисий (Жабокрицкий) тайно присоединился к унии (вслед за униатскими источниками эта дата может ошибочно указываться как время начала его епископского служения). В 1701 г. Иосиф по вызову властей ездил в Вену, где отступники от православия Афанасий (Ангел) и Иннокентий (Мику) безуспешно принуждали его присоединиться к унии. В 1703 г. часть крестьян Марамороша восстала против правителя округа кальвиниста Ференца II Ракоци. Выступление быстро подавили, при этом был полностью разрушен Грушевский Михайловский монастырь, где находилась резиденция Иосифа (монастырь впоследствии не был восстановлен, в 2004 г. рядом с его развалинами был основан женский скит). В 1705 г. заместитель правителя Марамороша Франц (Франциск) Дарвай принуждал Иосифа подписать план из 20 пунктов, направленный на подчинение православного духовенства венгерским властям и реорганизацию православных приходов по католическому образцу. После того как Иосиф отказался поставить подпись, 5 марта 1705 г. он был арестован и заключён в тюрьму при замке в Хусте (по некоторым данным, позднее переведён в город Сибиу), его имущество было конфисковано. Владыку судили по сфабрикованным обвинениям в разграблении Углянского монастыря, в наложении «интердикта» на селения Марамороша якобы с целью получения денег, в сотрудничестве с венгерскими повстанцами во главе с Ференцем Ракоци, в 1703 г. выступившими против Габсбургов, а также в рукоположении в священный сан двоежёнцев. Против Иосифа лжесвидетельствовали отступники от православия униаты дворянин И. Попович и священник Иоанн из Иргольца. В марте 1705 г. мараморошское духовенство выступило с протестом против ареста Иосифа, требуя от властей его освобождения, протест был внесён в протоколы конгрегации Мараморошского комитата. Румынские и карпаторусские священники добились разрешения на проведение Собора для избрания нового архиерея. В конце 1706 г. Мараморошским епископом был избран Иов (Цирка, Тырка), который в 1706–1707 гг., в период венгерского восстания против Габсбургов, сумел вернуть большую часть приходов Трансильвании, принявших унию, в православие. При поддержке Ференца Ракоци, в 1704 г. избранного князем Трансильвании, Иов в начале 1707 г. занял митрополичью кафедру в Алба-Юлии, Афанасий (Ангел) был изгнан в Сибиу. В конце 1707 г. в связи с ухудшением позиций Ференца Ракоци в войне с Австрией Иов (Цирка) по обвинению в сотрудничестве с повстанцами был заочно приговорён к смертной казни, после чего бежал в Молдавское княжество, где скончался. Униаты распускали слухи о том, что Иосиф (Стойка) и Иов (Цирка) приняли кальвинизм. Иосиф вышел на свободу не раньше 1707 г. Его освобождение исследователи связывают с тем, что к этому времени скончались его гонители: Мукачевский епископ Рога де Камиллис (1706 г.) и Эстергомский архиепископ Леопольд Колонич (убит в 1707 г.). После освобождения Иосиф исполнял обязанности епископа тайно, часто в целях конспирации менял места проживания и служения (униаты называли его «странствующим архиереем»).