После окончания войны вернулся на должность преподавателя Белградской семинарии и вскоре был назначен ректором семинарии в Призрене. В 1919 г. участвовал в разработке Устава СПЦ. 19 декабря 1920 г. Иосиф был избран епископом Битольским; находилась кафедра в городе Битола (Македония). По инициативе Иосифа и Жичского епископа Николая (Велимировича) 20 октября 1921 г. в Битоле была открыта семинария имени апостола Иоанна Богослова, преподавателями которой были видные богословы иеромонах Иоанн (Максимович; впоследствии архиепископ Шанхайский), Иустин (Попович), иеромонах Киприан (Керн; впоследствии архимандрит) и др. Иосиф жертвовал семинарии деньги, книги, иконы, основал фонд (впоследствии получивший его имя) для выплат стипендий лучшим ученикам. В 1924 г. в семинарии было около 200 учеников, к 1927 г. она стала крупнейшей духовной школой в СПЦ (около 400 учащихся и 50 преподавателей). Помимо сербов здесь обучались албанцы, чехи, словаки, карпатороссы, румыны и др. В 1930–1931 гг. Иосиф И посетил Прикарпатскую Русь с миссией, члены которой вели работу по возвращению униатов в православие и готовили учреждение Мукачевско-Пряшевской епархии СПЦ. 1 января 1932 г. Иосиф был избран митрополитом Скопским, взошёл на кафедру 17 января. Реорганизовал епархиальную жизнь, был инициатором открытия церковного музея Южной Сербии и первой в Сербии Галереи фресок, основал журнал «Христианское дело». После начала Второй мировой войны и оккупации территории Македонии (середина апреля 1941 г.) Иосиф не был арестован немцами, но так называемый Македонский комитет, деятельность которого была направлена на отделение Македонии от Югославии, препятствовал его служению. Ему запретили служить в некоторые дни Страстной недели, 27 апреля приказали поминать на службах вместо короля Югославии болгарского царя Бориса III и как правящего архиерея иерарха Болгарской православной церкви митрополита Врачанского Паисия (Анкова), но Иосиф не подчинился. 1 мая ему вручили акт с требованием передачи доставившим документ лицам церковных полномочий, денежных средств и имущества и уже готовое прошение о его добровольном отъезде из епархии. 4 мая Иосифа депортировали в Белград. 8 мая немецкие офицеры разрешили Иосифу посетить находящегося под арестом Сербского патриарха Гавриила, который отказался назначить его своим заместителем, т.к. это противоречило Уставу СПЦ. В июне 1941 г., как старший из находящихся на свободе архиереев (старшие по хиротонии архиереи митрополит Загребский Досифей (Васич) и митрополит Дабро-Босанский Пётр (Зимонич) были арестованы усташами, а епископ Бачский Ириней (Чирич) не мог выехать из венгерской оккупационной зоны), Иосиф возглавил Священный Синод и фактически до конца 1946 г. управлял СПЦ.