Здесь Иосиф действовал по нескольким направлениям: заботился о повышении уровня образования клириков, постоянно уделял внимание литовским духовным школам, продолжал работу по устранению латинских элементов из богослужения, старался устранять из повседневной жизни воссоединённых священников униатское наследие и привычки, более свойственные польской шляхте, чем православным пастырям, и проч. К особой заслуге Иосифа исследователи относят сохранение им на местах монашества и старинных белорусских священнических родов, когда-то православных, затем уклонившихся в унию и, наконец, воссоединённых. Архиерей неизменно отвергал многочисленные предложения от чиновников разного ранга (например, Михаила Николаевича Муравьёва, сенатора Михаила Павловича Щербинина) о замене белорусского духовенства священниками и монахами из внутренних губерний России. 30 марта 1852 г. Иосиф был возведён в сан митрополита и пожалован белым клобуком с бриллиантовым крестом. В 1856 г. присутствовал на коронации Александра II, поддерживал порфиру вместе с митрополитом Никанором (Клементьевским), подносил её с ним же и с митрополитом Филаретом (Дроздовым). В 1859 г. он был вызван для заседания в Синод, где участвовал в решении ряда вопросов церковной жизни накануне реформ императора Александра II. Политика императора Александра II, отличавшаяся либеральным курсом, не улучшила ситуацию. 26 февраля 1859 г. Иосиф передал императору через обер-прокурора Александра Петровича Толстого записку, в которой указывал на сепаратистские стремления польской национальной партии, на опасность её деятельности для государства и предлагал меры по стабилизации обстановки. Резолюция императора гласила: «Я не понимаю, чего он хочет, ибо никогда и речи не было и в мысли мои не входило отступать от принятой при батюшке системы…, но без всяких явных гонений и преследований поляков. А что я католикам не потворствую, то это, кажется, довольно ясно доказано на деле». В конце 1850 гг. католическое духовенство при помощи состоятельных представителей польской шляхты активизировало миссию среди православного населения, для белорусских крестьян в помещичьих имениях создавались тайные польские школы. Иосиф всеми способами боролся с новым, польско-латинским «прозелитизмом», поощрял духовенство создавать православные приходские школы, число которых в Литовской епархии к 1860 г. достигло 159. Трудами Иосифа в сентябре 1861 г. в Вильне было открыто училище для девиц духовного звания. От учениц (будущих матушек) Иосиф ожидал значительных перемен в семейном быту воссоединённого духовенства и соответствующего влияния на прихожан. В 1861 г. начались польские антиправительственные манифестации, которые переросли в вооружённый мятеж 1863 г. В Белоруссии революционеры рассчитывали опереться на поддержку крестьянства, в прокламациях напоминали белорусам об их бывшем униатстве и призывали вернуться к «вере предков». В мае 1861 г., когда в Вильне начались открытые польские манифестации, Иосиф обратился к духовенству с воззванием, в котором давал соответствующие обстановке наставления и писал: «Нам указывают на Польшу! Но какое нам дело до Польши? Мы Русские, дети бесчисленной Русской семьи, потомки св. Владимира… Нам указывают на Униатскую веру!.. Как бы эта несчастная Уния не была орудием тяжких терзаний и гонений, которые испытали предки наши в течение трёхсот лет, пока мы, потомки их, не обрели, наконец, тихого пристанища и успокоения на лоне России и матери своей Православной Церкви!» («Предписание ко всем благочинным церквей и монастырей от 19 декабря 1861 г.»).