В инструкциях П.Д. Дорошенко казацким послам подчёркивалось, что без принятия решения о ликвидации унии послы не должны приступать к обсуждению других вопросов. Однако ещё до начала переговоров подканцлер коронный Андрей Ольшевский в письме гетману заявил, что Речь Посполита не может ничего предписывать униатам в вопросах веры, и возложил ответственность за все возникшие трудности на Иосифа. В итоге до переговоров дело не дошло. В Чигирине ожидали выступления султана. Особой проблемой для П.Д. Дорошенко и Иосифа были отношения с Левобережьем и с Россией. На раде, собравшейся в январе 1668 г., было принято решение использовать недовольство населения Левобережной Украины ограничениями автономии гетманства и введением налогов для пополнения царской казны, чтобы поднять восстание против русской власти и объединить земли по обоим берегам Днепра. В исполнении этого решения активную роль сыграл Иосиф, убеждавший гетмана Левобережной Украины И.М. Брюховецкого разорвать отношения с русскими властями и возглавить восстание. Когда началось восстание, и войска П.Д. Дорошенко перешли Днепр, у Иосифа появилась возможность распространить свою власть на земли Левобережья. Стоявший во главе местного духовенства Мстиславский епископ Мефодий (Филимонович) в июле 1668 г. был арестован в Седневе близ Чернигова и доставлен в Чигирин. Вероятным поводом для ареста стало последнее послание Мефодия, в котором настоятели киевских монастырей осуждались за сотрудничество с Иосифом. В Чигирине Иосиф предал Мефодия церковному суду, объявил его епископскую хиротонию недействительной под тем предлогом, что он был поставлен московским митрополитом и служил царю, и снял с него мантию и панагию. Мефодий был заключён в тюрьму, затем был заточён в монастырь в Умани, откуда впоследствии бежал в Киев. Совершённые им поставления были объявлены недействительными, антиминсы, полученные от Мефодия, сжигались. В церквах Иосиф предписывал молиться «о благочестивом и Богом данном гетмане Петре». Прибывший в Киев епископ Мефодий не позднее сентября 1668 г. был арестован по приказу киевского воеводы князя Василия Борисовича Шереметева и отправлен в Москву, где предан суду за подстрекательство гетмана И.М. Брюховецкого к измене. Во время суда Мефодий, в частности, обвинил нескольких настоятелей киевских монастырей (Феодосия (Углицкого), игумена киевского Выдубицкого Всеволожа во имя архангела Михаила монастыря, Варлаама (Ясинского), игумена киевского Братского в честь Богоявления монастыря, и др.) в контактах с Иосифом, по поводу чего последние в сентябре 1668 г. были вынуждены оправдываться перед российскими властями. Впрочем, Варлаам (Ясинский) и далее поддерживал контакты с Иосифом. По просьбе Варлаама Иосиф 3 мая 1669 г. предоставил Киево-Могилянской коллегии принадлежавшее ему местность Стайки (современная Киевская область), подаренное в феврале 1669 г. митрополиту гетманом П.Д. Дорошенко. Когда в марте 1669 г. левобережная старшина и часть полков на раде в Глухове заключили новый договор с царём и избрали гетманом Демьяна Игнатьевича Многогрешного, с русской стороны была предпринята новая попытка вступить в переговоры с П.Д. Дорошенко и Иосифом. Им были отправлены царские грамоты.