В 1667 г. Иосиф отправил письма князю П.В. Шереметеву с сообщением о своей готовности склонить к подчинению России П.Д. Дорошенко (оправдывая при этом его союз с Крымским ханством), а также с уверениями в дружбе. У посланца сложилось впечатление, что Иосиф готов содействовать успеху переговоров, чтобы вернуться на митрополичий стол в Киеве. Он даже советовал отправить Иосифу «милостивую грамоту» царя. Однако переговоры закончились безрезультатно. Во время переговоров неоднократно затрагивался вопрос о тяжёлом положении православных в Польско-Литовском государстве. Так, П.Д. Дорошенко в январе 1668 г. писал В.М. Тяпкину, что в Витебске православным запрещено иметь храмы, а в Полоцке единственная церковь сгорела, и её не разрешают восстанавливать. Однако это не заставило гетмана и Иосифа искать соглашения с Россией. Правда, возможность такого соглашения П.Д. Дорошенко и Иосиф не исключали и на переговорах выдвигали определённые условия: объединение Правобережной и Левобережной Украины под властью П.Д. Дорошенко, разрыв Андрусовского договора и защита гетманства от Речи Посполитой, с одной стороны, и от Османской империи – с другой. Вместе с тем на территории гетманства не должно было быть ни русских войск, ни представителей русской администрации, так что верховная власть царя над гетманством стала бы формальной. Русское правительство не могло принять эти условия. Уже в то время, когда шли переговоры, обозначился курс политиков Правобережной Украины на поиски поддержки у Османской империи. На раде, собравшейся в январе 1668 г. в Чигирине, при участии Иосифа было принято решение подчиниться власти султана. В марте 1668 г. послы гетмана были у султана в городе Эдирне. По мнению исследователей, с этими переговорами была связана выдача «по челобитью Дорошенкову» 6 марта 1668 г. Константинопольским патриархом Мефодием III настольной грамоты Иосифу на Киевскую митрополичью кафедру. Иосиф получил титул «митрополит Киевский, Галицкий и всея Руси, экзарх Константинопольского престола, епископ Белорусский и архимандрит лещинский». Грамоту скрепили подписями 18 митрополитов. С тех пор Иосиф являлся экзархом патриарха в Киевской митрополии. Вместе с тем патриарх адресовал свою грамоту православным на территории Польско-Литовского государства, обойдя молчанием вопрос о власти митрополита над теми православными Киевской митрополии, которые находились под властью царя. Таких ограничений, по мнению исследователей, не было в посланной одновременно Иосифу грамоте султана на Киевскую кафедру. Этот документ стал важным шагом на пути подчинения гетманства на Правобережной Украине Османской империи. Впоследствии, 8 октября 1669 г., находившийся в Могилёве Александрийский патриарх Паисий подтвердил своей грамотой митрополичий сан Иосифа и присвоенный ему титул экзарха Константинопольского патриарха. Летом 1668 г. в Чигирин приехал османский посол Юсуф-паша. В его приёме участвовал Иосиф, который провожал посла при отъезде из Чигирина. Тогда был подготовлен текст условий, на которых гетманство соглашалось подчиниться власти султана. Вопросов веры в них касался лишь один пункт: предложение, чтобы Константинопольский патриарх избирался Собором архиереев и оставался на престоле до конца жизни.