В феврале 1667 г. Иосиф находился в Лещинском монастыре, к нему обратились жители Могилёва с просьбой об освобождении их от «неслушнаго в Москве публикованого проклятья», что Иосиф и сделал 14 февраля. В грамоте отмечалось, что митрополит принял такое решение как законный «пастырь», «конфирмованный от Святейшего патриарха Константинопольского». Слова эти не соответствовали действительности: «благословения» из Константинополя Иосиф ещё не имел, но они говорили о том, что Иосиф продолжает считать себя законным митрополитом и намерен выполнять свои функции. По мнению А. Мироновича, Иосиф вернулся к обязанностям Киевского митрополита после смерти 7 ноября 1666 г. администратора Киевской митрополии Львовского епископа Афанасия (Желиборского). По мнению исследователей, после разрыва между П.Д. Дорошенко и Речью Посполитой Иосиф был вынужден оставить Лещинский монастырь и направился в Корсунь, который находился под властью П.Д. Дорошенко. В ответ на это 12 августа 1667 г. король снова дал привилей на Киевскую митрополию Антонию (Винницкому), а привилей, выданный Иосифу, аннулировал. В августе 1667 г. Иосиф находился в Могилёве, где освящал место под строительство каменной церкви во имя святителя Николая. 17 августа Иосиф решил имущественный спор между Буйничским в честь Сошествия Святого Духа на апостолов монастырём и Кутеинской обителью, постановив сместить кутеинского игумена Варнаву (Громовича) с должности настоятеля за совершённое им нападение на Буйничский монастырь, а Кутеинский монастырь распорядился присоединить к Буйничскому. Когда осенью 1667 г. Иосиф отправил своего представителя на сейм с жалобой на действия униатского митрополита Габриеля (Гавриила) Коленды, маршалок сейма отказался его выслушать, а Лещинскую архимандритию захватил униат Киприан Жоховский. Резиденцией Иосифа после Корсуня стал монастырь в честь Успения Пресвятой Богородицы в Каневе, игумен которого Геронтий (Дубина) был его духовником. Хотя польские власти отрицательно относились к Иосифу, и его власть не признавали ни гетман Левобережной Украины Иван Мартынович Брюховецкий, ни стоявший во главе духовенства на данной территории епископ Мефодий (Филимонович), положение Иосифа в Киевской митрополии в 1667–1668 гг. заметно укрепилось. Его признал законным митрополитом Луцкий епископ Гедеон (Святополк-Четвертинский), а в начале 1668 г. Львовскую кафедру занял при содействии Иосифа (Нелюбовича-Тукальского) Иосиф (Шумлянский), который и удержался на ней, несмотря на противодействие Антония (Винницкого). Впоследствии между Иосифом (Нелюбовичем-Тукальским) и Иосифом (Шумлянским) наметился конфликт, связанный с тем, что последний в противовес Антонию (Винницкому) добивался у короля привилея на должность администратора Киевской митрополии в Речи Посполитой. Глава духовенства в Великом княжестве Литовском митрополичий наместник архимандрит Феодосий (Василевич) посылал священников на поставление только к Иосифу. У того был большой авторитет, в частности, благодаря тому, что он активно боролся против униатства.