После восстания на Украине и свержения И.Е. Выговского митрополит Дионисий поселился на территории, не подчинявшейся русской власти. Тогда управление частью Киевской митрополии, находившейся под властью царя, было доверено нежинскому протопопу Максиму Филимоновичу, который был пострижен в монашество с именем Мефодий и поставлен на Могилёвско-Мстиславскую кафедру 4 мая 1661 г. в Москве. В ответ на это митрополит Дионисий назначил на эту кафедру Иосифа. 3 августа 1661 г. Иосиф получил привилей от короля Яна II Казимира, назначение Иосифа было подтверждено также королевской грамотой от 7 апреля 1662 г. Украинское духовенство тем самым демонстрировало независимость от Московского патриархата, а Ян II Казимир подчеркнул свои претензии на земли, занятые русскими войсками. Вступив на кафедру, Иосиф сохранил за собой титул «архимандрит лещинский, старший монастырей виленского Свято-Духовского, пинского Богоявленского и других», как отмечено в привилее, и начал исполнять обязанности митрополичьего наместника в Великом княжестве Литовском (Иосиф возглавил пинское Богоявленское братство, при котором существовал монастырь, незадолго до поставления на кафедру). В привилее резиденцией Иосифа был определён могилёвский Спасо-Преображенский монастырь, однако поселиться там архиерею не удалось из-за военных действий. Наместником Иосифа в Могилёве стал настоятель Преображенского монастыря Иаков, состоявший в конфликте с могилёвским Богоявленским братством. Живя в 1661–1662 гг. в Лещинском монастыре, Иосиф выступил против попыток униатского Пинского епископа Андрея Золотого Квашнина силой подчинить себе местное православное духовенство. Одновременно Иосиф пытался привести в порядок дела в епархии. В грамоте от 15 ноября 1661 г. могилёвскому Богоявленскому братству епископ порицал «членов капитула», которые присваивали себе доходы принадлежавшего епископу Преображенского монастыря. В этот период могилёвские мещане поддержали Иосифа, а Могилёвское братство во главе с игуменом Севастианом (Комаром) было склонно подчиниться поставленному в Москве епископу Мефодию (Филимоновичу). После долгих уговоров со стороны Иосифа и заверений последнего в преданности православию братство его признало. В ноябре 1663 г. в Корсуне на выборах нового митрополита вместо скончавшегося Дионисия (Балабана-Тукальского) произошёл раскол: архиереи избрали митрополитом Перемышльского епископа Антония (Винницкого), другие участники собрания, духовные и светские (православная шляхта и казаки), во главе со слуцким архимандритом Феодосием (Василевичем) выступили за поставление Иосифа. Их позиция была настолько единодушной, что гетман Павел Иванович Тетеря рекомендовал польским политикам, у которых Иосиф вызывал недоверие, всё же дать ему королевский привилей на митрополичью кафедру. 15 ноября 1663 г. П.И. Тетеря обратился к населению гетманства с универсалом, в котором сообщил об избрании Иосифа митрополитом и о необходимости ему повиноваться. Одним из первых актов Иосифа было назначение 3 декабря 1663 г. Феодосия (Василевича) митрополичьим наместником в Великом княжестве Литовском.