В мае 1945 г. протоиерей Иван Михайлович Моржаков получил предложение принять сан епископа. После пострижения в монашество с именем Иосиф был рукоположён 9 октября 1945 г. архиепископом Иринархом (Парфёновым) и епископом Геронтием (Лакомкиным) во епископа Кишинёвского. Первоочередной задачей Иосиф считал восстановление связей старообрядцев в Молдавии с единоверцами в России после более чем 20-летнего отсутствия контактов между ними. Иосифу необходимо было наладить епархиальное управление, приходскую жизнь, учредить благочиния, изжить последствия оккупации. В задачи старообрядческого епископа также входили активизация усилий старообрядцев по восстановлению народного хозяйства, включение своей паствы в общественную жизнь страны. Вскоре по решению совета Московской архиепископии к Кишинёвской епархии были присоединены Черновицкая и Одесская области Украины. В сентябре 1951 г. Иосиф принял участие в республиканской конференции сторонников мира в Кишинёве, в мае 1952 г. – во Всесоюзной конференции всех церквей и религиозных объединений в защиту мира в Москве, в апреле 1955 г. – в работе пленума постоянного республиканского Комитета защиты мира в Кишинёве. В 1952 г. Иосиф был назначен помощником старообрядческого архиепископа Московского и всея Руси Флавиана (Слесарева). После его смерти, 19 февраля 1961 г., Иосиф был возведён в сан архиепископа Московского и всея Руси. В том же году возглавил делегацию старообрядческой церкви на Всемирном общехристианском конгрессе в защиту мира в Праге (будучи Московским архиепископом, Иосиф ежегодно перечислял часть личных средств в Фонд мира). Деятельность Иосифа по руководству архиепископией мало отличалась от линии, которая проводилась его предшественником архиепископом Флавианом. Иосиф стремился поддерживать должный уровень благочиния и благочестия паствы, но вследствие активизации гонений на религиозные организации в период управления страной Никитой Сергеевичем Хрущёвым епископ не мог увеличить количество приходов и число священнослужителей. В 1960 гг. были рукоположены два епископа: Никодим (Латышев) – на Кишинёвскую кафедру (8 октября 1961 г.) и Иоасаф (Карпов) – на Клинцовскую и Новозыбковскую кафедру (16 февраля 1964 г.). Епископу Иоасафу в январе 1968 г., после ухода на покой епископа Александра (Чунина), решением Собора были переданы приходы Волго-Донской епархии. Как и в прошлые годы, архиепископия ежегодно выпускала церковный календарь. Иосиф похоронен на Рогожском кладбище в Москве, на Архиерейских могилах.