Не позднее 12 октября 1633 г. епископ прибыл в Могилёв. В соответствии с «Пунктами успокоения» Мстиславской епархии в 1633 г. были возвращены по два храма в Орше и Мстиславле и четыре церкви в Могилёве (Успенская, Троицкая, Воскресенская и Вознесенская). Универсалами короля от 3 и 19 марта 1633 г. могилёвскому Богоявленскому братству было подтверждено разрешение на строительство братской церкви (начато в 1620 г. по благословению Иерусалимского патриарха Феофана IV) и на существование при ней могилёвского Братского в честь Богоявления монастыря со школой для изучения славянского, греческого и латинского языков. Король также разрешил открыть в монастыре типографию. За униатами была сохранена крупнейшая церковь Могилёва – Крестовоздвиженская. В ответ горожане опечатали храм и не допускали в него униатов. В 1634 г. король Владислав IV был вынужден официально передать Крестовоздвиженскую церковь православным «для служения и жительства при ней епископа Могилёвского», что было подтверждено сеймовой конституцией в 1635 г. В 1633 г. православные могилёвские мещане безуспешно пытались отнять у униатов Преображенский монастырь и расположенную рядом с ним Васильевскую церковь. При Иосифе в Могилёве открылись православные храмы: около 1633 г. была освящена Петропавловская церковь в Колковском предместье, в начале следующего года восстановлена кладбищенская Космо-Дамиановская церковь. В 1633–1634 гг. Иосиф предпринял попытки вернуть занятые униатами храмы в Полоцке. По приглашению православного епископа в Полоцк с этой целью прибыл виленский монах Стефан (Афанасович) с группой сторонников. В октябре 1633 г. православные горожане совершили покушение на Полоцкого униатского архиепископа Антония (Селяву), результатом чего стало обострение межконфессионального противостояния. У Иосифа был конфликт с членами могилёвского Богоявленского братства, считавшегося ставропигиальным. В 1634 г. члены братства без ведома Иосифа избрали настоятелем Богоявленского монастыря виленского иеромонаха Варлаама (Половку) и обратились к митрополиту Петру (Могиле) с просьбой подтвердить избрание и возвести обитель на степень архимандритии. Митрополит в послании от 4 ноября 1634 г. дал благословение на избрание Варлаама (Половки), но потребовал, чтобы в будущем братство согласовывало свои решения с правящим архиереем. Митрополит Пётр (Могила) запретил Варлааму учреждать при братском монастыре архимандритию. Будучи епископом, Иосиф поддерживал связь с виленским Свято-Духовским братством.