Называя себя фарисеем, Иосиф Флавий является противником как апокалиптическо-эсхатологического, так и мессианско-политического течения. Он полагал, подобно позднейшим раввинам, что спасение обеспечивается только соблюдением закона; считал, что наделён пророческим даром, и что его роль в исторических событиях сходна с ролью пророка Иеремии, обличавшего отступничество иудеев от Бога и предсказавшего им гибель. Иосиф Флавий признаёт римскую власть как облечённую божественной санкцией, и в этом он близок к взглядам евангелиста Луки. Эту же позицию под влиянием Иосифа Флавия позже разделял Евсевий Кесарийский. Политический идеал Иосифа Флавия – теократия; это понятие, впервые им сформулированное, подразумевало верховную власть священнической аристократии, которая управляет народом согласно законам Торы. В трудах Иосифа Флавия отразились, с одной стороны, иудейские представления и религиозные теории, с другой – идеи греческой философии, которыми он широко пользовался, обращаясь к образованной грекоязычной аудитории. В частности, Иосиф Флавий включил в повествование понятия, бытовавшие в греческой традиции, но не имевшие параллелей ни в Священном Писании, ни в современной ему иудейской традиции. Так, например, он использовал понятия, отражающие своеобразные представления греков о судьбе, и таким образом вводил в текст актуальную для философской полемики своего времени проблематику соотношения судьбы и Божественного Промысла. Благодаря тому что авторы первых веков христианства часто обращались к произведениям Иосифа Флавия, эти сочинения сохранились практически полностью. Для отцов церкви, перед которыми стояла задача утвердить христианское учение в противовес греческому синкретизму и иудаизму, произведения Иосифа Флавия, написанные вскоре после новозаветных событий свидетелем гибели Иерусалима и разрушения храма (70 г.), содержали необходимый материал. Упоминания Иосифа Флавия и цитирование его трудов встречаются у таких раннехристианских авторов, как Феофил Антиохийский и Минуций Феликс (II в.), Ириней Лионский, Климент Александрийский, Юлий Африкан, Тертуллиан, Ипполит Римский и Ориген (III в.), Мефодий, Псевдо-Евстафий и чаще других Евсевий Кесарийский (IV в.). Сообщая о бедствиях евреев во время войны с римлянами и о разрушении Иерусалима, Евсевий опирается на описания из «Иудейской войны». C евангельскими предсказаниями падения Иерусалима он связывает и другие детали рассказа Иосифа Флавия. Приводя свидетельства Иосифа Флавия о бедствиях иудеев во время осады Иерусалима, Евсевий заключает, что они были посланы иудеям за их кощунственное отношение ко Христу. Он упрекает Иосифа Флавия за то, что пророчество о Повелителе мира, грядущем с Востока, тот относит к Веспасиану, а не подлинному Правителю мира – Христу.