Отдельную группу составляют эпиграммы, в которых Иоанн Мавропод рассказывает о своей жизни («На собственный дом, что продал и покинул», «Как вновь обрёл дом», «Как впервые был представлен императорам» и др.) и творчестве («На исправленные книги», «На разорвавшего рукопись», «На ту же рукопись, склеенную вновь», «Как отступился от сочинения хронографии» и др.). Из ряда эпиграмм исследователям известно о литературных вкусах и пристрастиях Иоанна Мавропода. Одна из наиболее известных эпиграмм посвящена Платону и Плутарху, о спасении которых автор молит Христа, «ибо они и словом, и образом жизни близки Твоим законам». Религиозные произведения Иоанна Мавропода также весьма разнообразны. С большой вероятностью исследователи приписывают ему около 160 канонов, среди которых особое место занимают «венки» канонов – группы из восьми канонов на восемь гласов, написанных в честь какого-либо праздника или святого. Сохранились составленные Иоанном Мавроподом «венки» канонов Иоанну Предтече, апостолу Петру, апостолу Павлу, Иоанну Златоусту, Николаю Чудотворцу. Исследователи считают, что Иоанну Мавроподу принадлежат большие циклы канонов Пресвятой Богородице (более 60) и Иисусу Христу (более 20); по два канона на праздник Трёх святителей, Василию Великому, великомученику Феодору Тирону, Григорию Богослову, великомученику Димитрию Солунскому; отдельные каноны великомученику Феодору Стратилату, преподобному Иосифу Песнописцу, бессребреникам Косме и Дамиану, великомученику Георгию и др. Большинство канонов, составленных Иоанном Мавроподом, четвёртого плагального (т.е. восьмого) гласа, вторая песнь в них отсутствует. В канонах Иоанн Мавропод использует акростих, в конце которого обычно помещает собственное имя. Значительная часть канонов Иоанна Мавропода не издана, а многие изданы с неверной атрибуцией (например, Иоанну Дамаскину). В современных богослужебных книгах содержится лишь несколько канонов Иоанна Мавропода, например, канон Пресвятой Богородице и два канона Трём святителям под 30 января, два канона великомученику Феодору Тирону в первую субботу Великого поста. Другой излюбленный жанр Иоанна Мавропода – поэтические экфрасисы, посвящённые изображениям святых (великомучеников Феодора Тирона и Феодора Стратилата, обнявшихся апостолов Петра и Павла, Василия Великого, плачущей Богоматери, апостола Павла, диктующего апостолам Луке и Тимофею, святых бессребреников и др.) и сюжетов, связанных с важнейшими церковными праздниками (Рождеством Христовым, Богоявлением, Воскресением, Вознесением и др.). По мнению исследователей, среди прозаических агиографических сочинений Иоанна Мавропода особенно важны похвалы святым, связанным с Евхаитами, прежде всего, великомученику Феодору Тирону, которому Иоанн Мавропод посвятил три похвалы (первая произнесена в первую субботу Великого поста в воспоминание о чуде с коливом, вторая произнесена 8 июня, т.е. в день памяти не Феодора Тирона, а Феодора Стратилата, третья посвящена евхаитскому изображению мученика, отличающемуся от иных тем, что святой представлен пешим, а не в седле). Также Иоанну Мавроподу принадлежит похвала благочестивой евхаитской жене Евсевии, похоронившей Феодора Тирона. Иоанн Мавропод – автор ряда Житий современных ему святых, например, Дорофея Нового (ум. в 1045 г.). Составленные по различным поводам проповеди Иоанна Мавропода являются источником, содержащим информацию о взаимоотношениях Византии и печенегов. Так, речь, произнесённая в 1047 г. в день памяти великомученику Георгия Победоносца, повествует о чуде, которое помогло Константину IX подчинить печенегов, когда те в 1046 г. перешли Дунай: подобно тому как это произошло при Константине Великом, в небе над византийским войском возник крест, варвары в ужасе бросили оружие и затем просили о крещении.