После 1043 г. благодаря посредничеству Михаила Пселла Иоанн Мавропод был приближен ко двору императора Константина IX Мономаха и принял участие в создании юридической школы в монастыре великомученика Георгия в Манганах. Большинство исследователей склонны признавать за Иоанном Мавроподом авторство устава этой обители, который был написан в форме императорского законодательного постановления (новеллы). Наиболее ранняя датировка его создания (вторая половина 1043 г.) принадлежит Э. Фольери, наиболее поздняя (апрель 1047 г.) – Ж. Лефору. В декабре 1047 г. Иоанн Мавропод в качестве придворного ритора составил речь о восстании Льва Торника, в которой призвал императора проявить милость и человеколюбие по отношению к соратникам мятежника. Согласно Любарскому, после отставки Константина Лихуда в 1050 г. положение Иоанна Мавропода, равно как и его друзей и сподвижников Михаила Псёлла и Иоанна Ксифилина, значительно ухудшилось. Иоанн Мавропод был вынужден принять назначение в Евхаиты, которое воспринимал как ссылку. После отъезда Иоанна Мавропода из Константинополя его переписка с Михаилом Псёллом стала интенсивнее. Судя по ней, исследователи сделали вывод, что Иоанн Мавропод надеялся вернуть себе прежнее положение, а Михаил Псёлл выступал за него ходатаем перед императором (защищал от клеветников из Евхаит; готовил аудиенцию у императора; рассказывал в письмах, как император отнёсся к посланиям Иоанна Мавропода из Евхаит). Иоанн Мавропод вернулся в Константинополь после 1075 г. и принял постриг в монастыре Иоанна Предтечи в квартале Петра. Именно ему приписывается энкомий основателю этого монастыря преподобному Вару (впрочем, исследователи полагают, что эта атрибуция ошибочна). Год смерти Иоанна Мавропода исследователям неизвестен. Согласно сказаниям об установлении праздника Трёх святителей, совместное празднование 30 января было введено благодаря видению, которого Иоанн Мавропод удостоился в царствование императора Алексея I Комнина, т.е. после 1081 г. Это сообщение подтверждается тем, что Иоанн Мавропод проявлял особое внимание к этому празднику и составлял службы и похвалы Трём святителям. Служба, составленная в честь Иоанна Мавропода племянником Феодором, помещена в рукописи под 5 октября, следовательно, как полагают исследователи, это и был день кончины Иоанна Мавропода. Ему атрибутируется обширный корпус текстов, включающий как светские, так и религиозные произведения различных жанров. Среди первых особенно важны написанное двенадцатисложником этимологическое сочинение и эпиграммы. По большей части они относятся к правлению Константина IX Мономаха и посвящены различным событиям, связанным с жизнью представителей двора или знакомых Иоанна Мавропода: эпитафии (знакомым чиновникам, императору, самому себе); стихи, посвящённые различным реликвиям, принадлежащим императору (реликварию Честного Креста, иллюминированному Евангелию), и живописным изображениям (портрету Константина IX в Евхаитах; Христу, коронующему Константина IX и Зою; ср. мнение Г. Цандиласа, полагающего, что в последнем случае речь идёт о портрете Михаила VII Дуки).