Святых вместе со священниками преследует сын беззакония, и они умирают от его страшных пыток. Некоторые не выносят мучений и убегают в пустыню, где погибают, но все они воскреснут в последний день. Мессия сжалится над теми, у кого на лбу и на руке будет печать Мессии. Ангелы возьмут их на свои крылья, и они избегнут гнева беззаконника. После этого они будут в раю вкушать от древа жизни. Претерпевшие же страдания воссядут одесную Мессии и получат венцы славы. К последнему часу будут избраны из них 60 праведников для борьбы с сыном беззакония. Дискуссионным для исследователей остаётся вопрос о том, как образы Еноха и Илии в «Апокалипсисе пророка Илии» соотносятся с Откр. 11:3–12. Ряд элементов имеет явно дохристианские истоки (ср.: Мал. 4:5–6; 1 Енох. 90). Антихрист, как псевдомессия, явится в четвёртый год правления благочестивого царя из Гелиополя. Он представит великие знамения и чудеса и совершит почти все деяния, которые совершил Христос, за исключением воскрешения мёртвых. Описывается его внешний вид: «...Молодой, тонконогий, одно пятно седое спереди на голове его, плешивый, брови его доходят до ушей, и пятно проказы спереди на его руках». Кроме того, он может изменяться: выглядеть то как ребёнок, то как старец. Облик антихриста во многом совпадает с его описаниями в позднеиудейской апокалиптике. Он борется с девой Тавифой, со святыми и с Илией и Енохом, которых он убивает. Затем Илия и Енох воскресают и предают его смерти. Тавифа обличает лжемессию на всём его пути до Иудеи и Иерусалима. Сын беззакония убивает её. Но она воскресает и утверждает, что он не имеет над её телом и душой власти, потому что «живёт она всегда в Господе». Её кровь стала спасением для народа. Кроме имени и рассказа о воскресении, ничто не связывает этот образ с образом Тавифы в Новом Завете. По мнению исследователей, она является собирательным образом христианских мучеников. В основе богословского осмысления истории «Апокалипсиса пророка Илии» лежит дуализм: борьба между добром и злом разворачивается в битве последних времён между Богом, Которого представляют Его святые, и антихристом. Периодизация истории в «Апокалипсисе пророка Илии» отсутствует. Описание ассирийско-персидской войны имеет мифологическо-аллегорический характер. Богословского осмысления истории, подобного тому, которое можно найти в третьей книге Ездры или в книге Варуха, в этом памятнике нет. Эсхатология ограничивается упоминанием о тысячелетнем царстве. Тем не менее, красной нитью через всё сочинение проходит мысль о надежде на победу Бога над антихристом: в конце времён, после победы над сыном беззакония, будут спасены избранные, произойдёт последний Суд, после которого наступит тысячелетнее царство Христа.