Однако, несмотря на это, Иона везде по предложению местных глав церквей и архиереев совершал богослужения, часто в патриаршем облачении. В Палестине Иона был принят Иерусалимским патриархом, в Александрии – умирающим Александрийским  патриархом Герасимом III (Гимарисом; 1783 – 1787/1788 гг.), который также «разрешил его от грехов». На подворье монастыря великомученицы Екатерины на Синае в Каире Иона по просьбе братии монастыря рукоположил во иереев несколько монахов; в монастыре великомученицы Екатерины прожил четыре месяца. В Триесте Иона встречался с императором Священной Римской империи Иосифом II (1765–1790 гг.), в Яссах в 1789 г. – с князем Григорием Александровичем Потёмкиным, с разрешения которого по ходатайству местоблюстителя Молдо-Влахийского экзархата епископа Амвросия (Серебренникова; 22 декабря 1789 г. – 29 декабря 1791 г.) Ионе был дан в управление монастырь священномученика Панкратия близ Ясс. В течение двух лет обитель стала одной из самых богатых в Молдавском княжестве. В декабре 1791 г. Иона получил приказ российской императрицы Екатерины II выехать в Киев. Он был назначен викарием тяжелобольного Киевского митрополита Самуила (Миславского; 22 сентября 1783 г. – 5 января 1796 г.), жил в Киево-Печерской лавре и вёл дела епархии, в том числе рукополагал священников (начало 1792 г. – весна 1794 г.). В 1795 г. при поддержке митрополита Самуила, посоветовавшего ему обратиться за разрешением в Синод РПЦ и к Новгородскому митрополиту Гавриилу (Петрову; 1 января 1775 г. – 19 декабря 1800 г.), Иона приехал в Москву. Вначале он жил в Чудовом в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыре и служил в Успенском и Благовещенском соборах Кремля. В 1813 г. Иона поселился в Московском в честь Богоявления монастыре. В Москве встречался с представителями грузинской диаспоры: царевичем Давидом (сыном царя Картли-Кахети Георгия XII), царицей Дарией (Дареджан) Георгиевной Дадиани (супругой Ираклия II) и др. Иона принимал участие в торжественных церковных церемониях и светских мероприятиях: в частности, хиротонисал во епископа Евгения (Казанцева; 14 июля 1818 г.) и Афанасия (Телятева; 10 марта 1821 г.), присутствовал на вручении наград выпускникам Московского университета (5 июня 1821 г.) и др. В московский период жизни Иона активно занимался издательской деятельностью: в частности, при его поддержке и рецензировании была издана на грузинском языке Праздничная Минея (1805 г.). Вместе с епископом Досифеем (Пицхелаури; в 1812–1814 гг. – епископ Горийский, в 1814–1817 гг. – епископ Алавердский) и Абхазским архиепископом Пафнутием состоял в Российском библейском обществе, где шла подготовка к изданию Библии на грузинском языке. Похоронен в московском в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыре. Сохранилось завещание Ионы на русском языке, датированное 20 июня 1821 г. (Российский государственный архив древних актов).